| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,016 | A→G | 7.8% | S379G (AGC→GGC) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,016 | 0 | A | G | 7.8% | 326.7 / 13.5 | 103 | S379G (AGC→GGC) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/41); new base G (3/5); total (57/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCC > NC_000913/1683872‑1684163 | gCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCg > 3:758387/1‑149 (MQ=255) cccTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGctg > 2:95288/1‑146 (MQ=255) cccTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCgg > 3:522236/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCggg > 3:585035/1‑149 (MQ=255) tGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGAt < 4:441449/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 3:148615/149‑2 (MQ=255) ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGc < 4:480507/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGCGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 4:739956/149‑2 (MQ=255) gTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCGGCTGGGATCga < 2:140192/148‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) gcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt > 4:237712/2‑149 (MQ=255) gATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATa > 1:169848/1‑148 (MQ=255) gATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa > 3:714949/1‑149 (MQ=255) tCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc > 1:681575/1‑148 (MQ=255) tCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAAc < 1:185994/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |