| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 208,552 | T→A | 9.6% | L1143I (TTA→ATA) | dnaE → | DNA polymerase III alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 208,552 | 0 | T | A | 9.6% | 379.2 / 25.8 | 115 | L1143I (TTA→ATA) | dnaE | DNA polymerase III alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/58); new base A (6/5); total (52/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGATGACCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTTTATTAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGTTAGCC > NC_000913/208404‑208699 | tgatgaCCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTttat < 4:367691/149‑1 (MQ=255) gaCCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTTTATTaa < 1:760553/148‑1 (MQ=255) aCCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTTTATTaaa < 2:737376/148‑1 (MQ=255) aCCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTTTATTAAAc 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> 3:658982/1‑149 (MQ=255) aTCGTTTATTAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGc > 2:59950/1‑148 (MQ=255) aTCGTTTAATAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGc > 2:509895/1‑148 (MQ=255) tCGTTTAATAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCg > 2:189476/1‑148 (MQ=255) tCGTTTAATAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCg > 2:704727/1‑148 (MQ=255) cGTTTATTAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGt < 4:133304/149‑1 (MQ=255) 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ttattaAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGTTa > 1:552590/1‑148 (MQ=255) attaAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGTTAGcc < 4:662082/149‑1 (MQ=255) attaAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGTTAGc < 1:429542/148‑1 (MQ=255) | TGATGACCAGCTTTTAAACCGACTCCGTCAGTCTCTGGAACCCCACCGCTCTGGGACAATTCCAGTACATCTCTACTATCAGAGGGCGGATGCACGCGCGCGGTTGCGTTTTGGCGCGACGTGGCGTGTCTCTCCGAGCGATCGTTTATTAAACGATCTCCGTGGCCTCATTGGTTCGGAGCAGGTGGAACTGGAGTTTGACTAATACAGGAATACTATGAGTCTGAATTTCCTTGATTTTGAACAGCCGATTGCAGAGCTGGAAGCGAAAATCGATTCTCTGACTGCGGTTAGCC > NC_000913/208404‑208699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |