| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,230,416 | G→C | 5.8% | intergenic (‑31/‑208) | dusC ← / → yohJ | tRNA‑dihydrouridine synthase C/UPF0299 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,230,416 | 0 | G | C | 5.8% | 364.6 / 11.5 | 104 | intergenic (‑31/‑208) | dusC/yohJ | tRNA‑dihydrouridine synthase C/UPF0299 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/46); new base C (4/2); total (56/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGAT > NC_000913/2230268‑2230564 | gTTGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATg > 4:375172/1‑149 (MQ=255)gTTGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATg > 3:452604/1‑149 (MQ=255)gTTGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATg < 4:833917/149‑1 (MQ=255) ttGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATg > 2:370605/1‑148 (MQ=255) ttGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGt > 4:36153/1‑149 (MQ=255) tCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTTCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAgc > 3:641293/1‑149 (MQ=255) tCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAgc < 4:47345/149‑1 (MQ=255) tCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAg > 1:650619/1‑148 (MQ=255) caccacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAgcgc > 3:735581/1‑149 (MQ=255) accacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAgcgc > 1:512838/1‑148 (MQ=255) accacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGcc > 4:568131/1‑149 (MQ=255) accacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGcc > 3:383024/1‑149 (MQ=255) ccacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGcc < 2:191036/148‑1 (MQ=255) cacGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCt < 1:189635/148‑1 (MQ=255) ggACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTc > 3:596/1‑149 (MQ=255) aaaCTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGt > 4:709778/1‑144 (MQ=255) aaaCTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGt < 3:709778/144‑1 (MQ=255) aaCTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCg > 2:816949/1‑148 (MQ=255) cTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTAACATAGCGCCt > 1:147435/1‑136 (MQ=255) cTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTAACATAGCGCCt < 2:147435/136‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGAtt > 3:377482/1‑149 (MQ=255) cGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAg < 1:124923/142‑1 (MQ=255) gTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTaa < 1:482290/148‑1 (MQ=255) tGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGTAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTaaa > 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aGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTaa < 1:24701/139‑1 (MQ=255) aGATCGTACTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCaa > 3:634867/1‑149 (MQ=255) aGATAGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTaa > 2:24701/1‑139 (MQ=255) tCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAaga < 4:624360/149‑1 (MQ=255) tCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAaga > 3:302723/1‑149 (MQ=255) 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acacGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGcc < 4:302723/149‑1 (MQ=255) cacGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATg < 1:322984/119‑1 (MQ=255) cacGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATg > 2:322984/1‑119 (MQ=255) acGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCgg < 3:375172/149‑1 (MQ=255) cGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCggg < 4:444533/149‑1 (MQ=255) cGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCgg > 1:255503/1‑148 (MQ=255) cATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAag < 2:581252/71‑1 (MQ=255) cATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAag > 1:581252/1‑71 (MQ=255) cATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCgggg < 1:689686/148‑1 (MQ=255) catcaCCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTGTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGaa > 4:713707/1‑149 (MQ=255) tcaCCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAg < 3:441112/143‑1 (MQ=255) tcaCCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAg > 4:441112/1‑143 (MQ=255) cccGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAAt < 3:36153/149‑1 (MQ=255) ccGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTg > 1:347890/1‑108 (MQ=255) ccGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTg < 2:347890/108‑1 (MQ=255) ccGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATa > 3:709844/1‑149 (MQ=255) cGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGc < 2:565612/124‑1 (MQ=255) cGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGc > 1:565612/1‑124 (MQ=255) cGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATaa < 4:735581/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAgcgc < 4:160624/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAgcg > 2:667111/1‑148 (MQ=255) taGGCGCTAACATAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAACCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGc > 1:549453/2‑103 (MQ=255) taGGCGCTAACATAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAACCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGc < 2:549453/102‑1 (MQ=255) gAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGAGTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATTCTTGATGTATGCCCGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTc < 3:161688/149‑1 (MQ=255) cgcTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTa > 2:903650/1‑148 (MQ=255) gcTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAAt < 4:50194/149‑1 (MQ=255) gTTAGCGCCTATGGTCAGCTGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGa < 2:654502/148‑1 (MQ=255) gTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGa < 2:845017/148‑1 (MQ=255) | GTTGATCCACCACGCGGACAAACTCGGTGATGCACAGATCGTAGTCGTTAACTTCGGTCAGCAATTCACGCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGAT > NC_000913/2230268‑2230564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |