| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,753,986 | A→T | 9.8% | intergenic (+40/+22) | bamE → / ← ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,753,986 | 0 | A | T | 9.8% | 305.3 / 19.6 | 92 | intergenic (+40/+22) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/44); new base T (3/6); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGC > NC_000913/2753839‑2754129 | cAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCaa > 2:530697/1‑148 (MQ=255) aaCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCTCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGc < 3:522728/149‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAGGGTGCTCAATGAg < 2:245570/148‑1 (MQ=255) aGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCAcc < 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aaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtct > 1:582675/1‑148 (MQ=255) ggTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtctgt > 2:547329/1‑148 (MQ=255) ggTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtctgt < 1:547329/148‑1 (MQ=255) tAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGtt > 3:322641/1‑149 (MQ=255) aCTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGttat > 3:645895/1‑149 (MQ=255) 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tAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGtttt < 4:645895/149‑1 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGtttt < 3:880799/149‑1 (MQ=255) aaaaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGcc < 3:463167/149‑1 (MQ=255) aaaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGa < 4:476728/100‑1 (MQ=255) aaaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGa > 3:476728/1‑100 (MQ=255) aaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCg > 2:418485/1‑148 (MQ=255) aaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCg > 1:315186/1‑148 (MQ=255) aGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGa > 4:36094/1‑149 (MQ=255) aGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAg > 4:711996/1‑139 (MQ=255) aGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAg < 3:711996/139‑1 (MQ=255) cTCATTGAGCATCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGc < 1:418485/148‑1 (MQ=255) aTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCAGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCaa < 2:76723/78‑1 (MQ=255) aTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCAGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAACCTCTTTCGGATCGGGaa > 1:76723/1‑78 (MQ=255) | CAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGC > NC_000913/2753839‑2754129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |