| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,471,362 | C→A | 6.2% | intergenic (‑33/+38) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,362 | 0 | C | A | 6.2% | 329.7 / 7.5 | 93 | intergenic (‑33/+38) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/45); new base A (3/3); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
TTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACG > NC_000913/3471216‑3471504 | tttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa > 1:769457/1‑148 (MQ=255)tttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa < 2:353247/148‑1 (MQ=255) tAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGga < 4:27704/149‑1 (MQ=255) tAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGga < 4:681813/149‑1 (MQ=255) gCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgaga < 3:176286/149‑1 (MQ=255) gCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgag < 1:164530/148‑1 (MQ=255) ccAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgagag > 3:890094/1‑149 (MQ=255) cAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgagaga < 4:45193/149‑1 (MQ=255) gTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGc > 4:854585/1‑149 (MQ=255) 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taGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTgg > 1:323170/1‑148 (MQ=255) cgTGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc > 4:250265/2‑149 (MQ=255) gTGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc > 4:509184/1‑148 (MQ=255) gTGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc < 3:509184/148‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc < 2:573402/148‑1 (MQ=255) tGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCag < 3:250265/149‑1 (MQ=255) gCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCaga < 3:462404/149‑1 (MQ=255) gCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCaga < 4:564539/149‑1 (MQ=255) ctcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAgaga > 2:275869/1‑148 (MQ=255) ctcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAgaga < 1:867709/148‑1 (MQ=255) tcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGaa > 2:683419/1‑148 (MQ=255) ccccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACg > 3:327626/1‑149 (MQ=255) | TTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACG > NC_000913/3471216‑3471504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |