| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,009,002 | G→T | 5.9% | P20T (CCA→ACA) | rhtB ← | homoserine, homoserine lactone and S‑methyl‑methionine efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,009,002 | 0 | G | T | 5.9% | 361.3 / 9.0 | 102 | P20T (CCA→ACA) | rhtB | homoserine, homoserine lactone and S‑methyl‑methionine efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/49); new base T (3/3); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACTGAGCGGGAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGATTTTACGT > NC_000913/4008854‑4009147 | aCTGAGCGGGAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTgg > 3:641024/1‑149 (MQ=255) ggAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAgg > 2:718645/1‑148 (MQ=255) ggAAAATAGCGTCACCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCTCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACCGGc < 4:771083/149‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGCCAGGCtc < 4:26433/149‑2 (MQ=255) gCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTTATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAAt < 2:887049/148‑1 (MQ=255) cGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGa < 3:625774/149‑1 (MQ=255) gTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGa < 1:11249/148‑1 (MQ=255) gTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGAt < 3:308546/149‑1 (MQ=255) gTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGCTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGTCTTAAAATGa < 1:743035/148‑1 (MQ=255) tCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGAt < 1:752635/148‑1 (MQ=255) tCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATc < 4:23131/149‑1 (MQ=255) ccccAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATc > 1:825036/1‑148 (MQ=255) ccAACCCCCCGCCAACCCGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTAAAGCACAGCAATAGACGTCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTCAGCGATGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAACTGATCGAt < 4:322812/149‑1 (MQ=255) cAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTaaa > 1:517980/1‑139 (MQ=255) cAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTaaa < 2:517980/139‑1 (MQ=255) cAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGAt > 1:463340/1‑148 (MQ=255) aaCCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGt < 3:483480/149‑1 (MQ=255) ccACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTcag < 2:259315/148‑1 (MQ=255) 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aaTATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGTCGCCAGGCtctg > 3:798828/1‑114 (MQ=255) aaTATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAaccacc > 4:31560/1‑149 (MQ=255) atGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCAt < 1:115213/148‑1 (MQ=255) atGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCAt > 1:445205/1‑148 (MQ=255) aTCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTaa < 3:31560/149‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTa < 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2:178539/1‑148 (MQ=255) gtgtTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAg < 4:496834/142‑1 (MQ=255) gtgtTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAg > 3:496834/1‑142 (MQ=255) tgtTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCt > 1:867712/1‑148 (MQ=255) ttGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaa > 1:77464/1‑148 (MQ=255) tGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaaa > 2:347278/1‑148 (MQ=255) tGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATCTCATCAGGGAGGGAAACCACCATTCTAAGGACATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaaa > 2:843304/1‑148 (MQ=255) gATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTtgt > 4:325008/1‑103 (MQ=255) gATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTtgt < 3:325008/103‑1 (MQ=255) tGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATGGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaaaaaaaa < 4:596201/149‑1 (MQ=255) tGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTaaaaaaa > 1:708189/1‑148 (MQ=255) cattttaagCCTGTCGCCAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAAc > 3:245586/8‑149 (MQ=255) cACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAAc > 1:904481/1‑148 (MQ=255) aCCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCca > 4:369944/1‑101 (MQ=255) aCCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCca < 3:369944/101‑1 (MQ=255) aCCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGa > 3:424259/1‑149 (MQ=255) tttaagCCTGTCGCCAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCa > 2:586476/5‑129 (MQ=255) tttaagCCTGTCGCCAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCa < 1:586476/125‑1 (MQ=255) ccAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGAt > 3:484309/1‑149 (MQ=255) agCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGAtttt > 2:662399/1‑148 (MQ=255) cTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGATTTTACGt > 3:82363/1‑149 (MQ=255) | ACTGAGCGGGAAAATAGCGTCCCCAACCCCACGCCAACCAGCACAATATGAATCGCCAGTCCGGTCTGAAGCCCAGCAATAGACGCCACCGCGCCGCGATAACCGTGGTTGAGCGAGGTGGTCATAGTGTTGATTGCACCAGAGCCTGGCGACAGGCTTAAAATGATCGATGTCAGCAGGTAGGCAAACCACCATTCTAAGGTCATGATGAACTCCCGGTGTGTCTATTTTTGTGCCACAATACGCTACTGTCGCAGCGTTGTGTCAGGCACGCTAAAAAAAACGATTTTACGT > NC_000913/4008854‑4009147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |