| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,548,400 | G→A | 6.9% | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,400 | 0 | G | A | 6.9% | 331.3 / 11.3 | 102 | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/53); new base A (4/3); total (46/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCT > NC_000913/4548252‑4548546 | ttCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtg > 4:632986/1‑149 (MQ=255)ttCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtg > 4:538938/1‑149 (MQ=255) cACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCCAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTa < 4:62547/149‑1 (MQ=255) ctTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACgg > 2:886675/1‑148 (MQ=255) ctTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACgg < 2:745055/148‑1 (MQ=255) ttGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt > 3:189204/1‑149 (MQ=255) tGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt > 2:182794/1‑148 (MQ=255) aaTATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTc < 2:41207/148‑1 (MQ=255) atatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcca > 4:59731/1‑149 (MQ=255) atatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc > 2:839379/1‑148 (MQ=255) tatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcca > 2:760694/1‑148 (MQ=255) tCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCACGCAAGTGCGACGATACAGTCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccacca > 3:754291/1‑149 (MQ=255) tAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCaa < 4:52352/149‑1 (MQ=255) aaCTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAAt < 4:658231/149‑1 (MQ=255) 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tGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGt < 2:375277/148‑1 (MQ=255) cTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTg < 1:543052/148‑1 (MQ=255) tGAAATGGTGCAAACGTGGGTAAGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGCCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCTAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGAtct < 2:658038/148‑1 (MQ=255) tGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTAGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCg > 2:559505/1‑148 (MQ=255) ggTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCTACGGTTGATCTCGGCGAt < 4:650475/149‑1 (MQ=255) 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gTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCt < 3:632986/149‑1 (MQ=255) tGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCtt > 4:821186/1‑149 (MQ=255) agggTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTGAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCt < 1:654539/147‑1 (MQ=255) gtatgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTc < 1:836655/148‑1 (MQ=255) gtatgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTc < 2:244652/148‑1 (MQ=255) tatgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCGATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCa > 1:209566/1‑148 (MQ=255) atgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc < 4:127399/104‑1 (MQ=255) atgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc > 3:127399/1‑104 (MQ=255) atgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAg > 2:692506/1‑148 (MQ=255) tgtatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTc > 3:873778/1‑149 (MQ=255) ttGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTAt < 3:448588/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGATTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTAt > 1:157561/1‑148 (MQ=255) ggcggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGt < 4:67404/149‑1 (MQ=255) gcggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTAGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCTCCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGt < 1:559505/148‑1 (MQ=255) gcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTg > 1:887691/1‑148 (MQ=255) gcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTg > 2:593973/1‑148 (MQ=255) 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2:493260/148‑1 (MQ=255) ggTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGa < 4:350630/149‑1 (MQ=255) ggTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGa < 3:795114/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGa < 1:530866/148‑1 (MQ=255) tcgCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGt < 2:911244/148‑1 (MQ=255) tcgCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGt > 2:181941/1‑148 (MQ=255) ggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCTATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCat > 3:616285/3‑98 (MQ=255) ggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCat < 4:616285/96‑1 (MQ=255) ccAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAc > 2:554136/1‑148 (MQ=255) ccAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAc < 1:310272/148‑1 (MQ=255) gaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAg > 1:851233/2‑141 (MQ=255) gaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAg < 2:851233/140‑1 (MQ=255) aaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTg > 1:565118/1‑148 (MQ=255) aaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGc < 2:770007/148‑1 (MQ=255) aCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGcc < 1:543165/148‑1 (MQ=255) cGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGc < 3:108685/149‑1 (MQ=255) tgtACGGTTTCCACCACCGATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCt < 2:209566/148‑1 (MQ=255) | TTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCT > NC_000913/4548252‑4548546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |