Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,589,122 | G→A | 7.2% | G510S (GGC→AGC) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,589,122 | 0 | G | A | 7.2% | 695.9 / 32.0 | 221 | G510S (GGC→AGC) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/97); new base A (9/7); total (117/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-02 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACA‑ACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCGAGAA > NC_000913/2588855‑2589378 | agtgagGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCttttt > 2:164104/1‑275 (MQ=255) aTCGATGGGGCAGATCCAGGGGGTACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCGAATGTTTAACCACAACGCCAAAc > 4:263550/1‑275 (MQ=255) gggggCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCAGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTGCCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCCTGGGCAAAAAGGCTTTTTTGcc > 4:99051/1‑223 (MQ=255) aCTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaaa > 4:176916/1‑274 (MQ=255) gATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCGGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc < 1:56351/274‑1 (MQ=255) ggTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttt > 4:84254/1‑182 (MQ=255) aCCACTGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTCTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGCTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGTTGTCTAACCGCAACTCCCAACGCTACGAAAAAGGGGTGCCGAAAATTCACCACAGTAACCTGCGCTGGCATTTCATTTATGTc > 4:191959/1‑274 (MQ=255) aCCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTAATGCCAGATCTCTCTTACCACTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAAGGATGATCCTCACTCCGGCCCTGTGTGCCCTACTACTTCAGCCACGGAAAAACGGTGAGCATCCTGGGCCAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCCACGCCGAACGCTAAGAAAAAGGGGTAGAGAAAATTCCCAACCGTAGCCGCGGCTGAATTGTGATTTAtttgc > 4:105860/1‑271 (MQ=255) aaTGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAAc > 1:7802/1‑209 (MQ=255) aaTGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGAACGACATTGTGATTTATGTCctgc > 2:216645/1‑275 (MQ=255) cggctgCAACACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTTTATTACCATTTTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCa < 2:255495/275‑1 (MQ=255) accaccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtt < 5:971228/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCTGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATTCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAATCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttttt > 6:140745/1‑149 (MQ=255) cGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTg < 5:930743/149‑1 (MQ=255) ggTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc < 8:263222/149‑1 (MQ=255) tGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCt > 7:437330/1‑149 (MQ=255) tGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGccc < 8:379789/149‑2 (MQ=255) gctaTCTATCGCCAGTTTTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATACTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGTGCATCATAGGCAAAAAGGCCTGTTTGccca < 8:343952/146‑3 (MQ=255) gCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTg < 5:813758/149‑1 (MQ=255) cATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGt < 6:802766/149‑1 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt > 7:354619/1‑149 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt > 5:1068849/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAAc < 8:1120249/149‑1 (MQ=255) cggTTCTCTATTCCCATGGTTGCGGCGAGGGTGCTGTCAGTACGGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGAc < 4:117237/273‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGTTTTAACCAGAt < 8:756855/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 8:12195/149‑1 (MQ=255) gtgcgttATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGAGCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCAAACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGAcg < 2:80769/268‑1 (MQ=255) gTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGt < 6:271257/149‑1 (MQ=255) tctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCAGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTaa > 5:1196315/1‑149 (MQ=255) aCCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCaa > 5:1249130/1‑149 (MQ=255) ccATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAAc < 8:418669/149‑1 (MQ=255) cATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACg > 6:11516/1‑149 (MQ=255) aTTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGc > 7:532696/1‑149 (MQ=255) aTTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGc < 7:1052454/149‑1 (MQ=255) ttgttgCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 5:1474042/133‑1 (MQ=255) ttgCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGaa < 8:1038952/149‑1 (MQ=255) cggcgATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGc < 8:1265169/149‑1 (MQ=255) aTGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGa > 5:197128/1‑149 (MQ=255) gggTGCTGGCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCCTTGGGGGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGc < 4:164104/274‑1 (MQ=255) tGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGaaaaa < 5:1278772/149‑1 (MQ=255) tGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGaaaaa < 8:804741/149‑1 (MQ=255) tCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGt < 5:1027139/149‑1 (MQ=255) catgaCTGGTAGCGAGGATCCTCACTCAGGGTCTGTGTGCCACACTACTGAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTtac < 2:191959/270‑1 (MQ=255) gTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGc < 6:852970/149‑1 (MQ=255) tACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCg > 5:549314/1‑149 (MQ=255) gTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAAt > 6:948181/1‑149 (MQ=255) gatgatCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAg < 7:1126087/131‑1 (MQ=255) gatgatCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTcc > 8:654024/1‑149 (MQ=255) atCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACGCTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGATTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCg > 6:78083/1‑149 (MQ=255) ccTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTa < 5:521533/149‑1 (MQ=255) cTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTATGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAACAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGATCGCTACGCAAAAGGGGTGGCGACAATTCTCCACCCTAg > 8:1158046/1‑149 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACTAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc > 5:111623/1‑149 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc > 5:1254342/1‑149 (MQ=255) tCCTGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCGCTGAAAAGAGGTTAGCATCGTGGGCAGAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTgc > 8:699456/1‑149 (MQ=255) tCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt > 7:708287/1‑87 (MQ=255) ggCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCt > 7:1085685/1‑149 (MQ=255) ctctGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAggg < 8:1100480/116‑1 (MQ=255) tctGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGa < 5:948181/149‑1 (MQ=255) tgtgtgCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGAtt < 5:329306/149‑1 (MQ=255) tgtgtgCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGgt > 2:8631/1‑181 (MQ=255) gtgCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATtgtg < 5:898730/149‑1 (MQ=255) gCCAAACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAaca‑aca < 2:134583/275‑1 (MQ=255) ccACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGAtt < 6:1285696/149‑1 (MQ=255) cacaCTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTa > 2:380996/1‑128 (MQ=255) acacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTa > 5:474165/1‑149 (MQ=255) acacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTa > 8:887123/1‑149 (MQ=255) cacTACTTACGCAACTGAACAAAGGTGAGCATCATGGGAAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 6:506861/149‑1 (MQ=255) cacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 8:532696/149‑1 (MQ=255) cacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 7:306734/149‑1 (MQ=255) ctactTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCt < 4:380995/128‑1 (MQ=255) tactTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt < 6:1206450/58‑1 (MQ=255) tactTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTc > 6:961958/1‑149 (MQ=255) ctTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTCCGAAAAAGGGGTGGCGAGAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGAATGGTGTTCCTGTTCCTTCGTTTGCCGACGTCGTTCTTTCCGGTGGAAGACAGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCCACG‑AACACACAGACCCTGaa > 4:306009/1‑275 (MQ=255) ctTAAGCAACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGAGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTAAACGCAACA‑ACAGACCCTGaa < 2:111951/275‑1 (MQ=255) ttAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGCGGCGAAAATGCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGGCctg > 8:1229633/1‑149 (MQ=255) aGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaaaa > 6:227548/1‑105 (MQ=255) ccACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTgctgct < 7:1315329/149‑1 (MQ=255) cTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTgg > 5:865083/1‑149 (MQ=255) tGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTggc > 5:149684/1‑149 (MQ=255) tGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCG‑TTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTAACTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCGACA‑ACAGACCCTGAAAGTCGTTGa > 2:308035/1‑273 (MQ=255) aaaaaGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTggcggc < 7:1256657/149‑1 (MQ=255) aaaaGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCa > 7:392652/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCAt > 6:1072121/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCAt < 5:749549/149‑1 (MQ=255) gTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTcc < 8:969806/129‑1 (MQ=255) gTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTcc > 7:969806/1‑129 (MQ=255) gtgtcatcatGGGGAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGAAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACA‑ACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCgag < 4:2142/270‑1 (MQ=255) accaggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgt > 7:797527/5‑148 (MQ=255) atGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt > 6:1259597/1‑116 (MQ=255) atGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 5:1259597/116‑1 (MQ=255) tGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgttcc < 7:122218/149‑1 (MQ=255) caggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgttcc > 5:1435123/3‑149 (MQ=255) caggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctg > 6:665875/3‑145 (MQ=255) caggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctg < 5:665875/143‑1 (MQ=255) gggCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct < 8:603218/149‑1 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCg > 8:1402677/1‑149 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCg > 7:171331/1‑149 (MQ=255) aaaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGttt > 6:1406352/1‑149 (MQ=255) aaaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGttt < 6:1212671/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGc < 7:714346/149‑1 (MQ=255) | AGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACA‑ACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCGAGAA > NC_000913/2588855‑2589378 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |