Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,589,125 | T→C | 7.9% | F511L (TTT→CTT) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,589,125 | 0 | T | C | 7.9% | 667.2 / 32.9 | 214 | F511L (TTT→CTT) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/90); new base C (9/8); total (116/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.47e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
AGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCGAGAA > NC_000913/2588855‑2589378 | ggCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCCGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGACAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCTGATTTTTAACCGCAACGCCGAAACCTACgca > 4:171879/1‑273 (MQ=255) gTCGGGATTGTGATGGTTCTTTCGGGTGTATTTGTCCCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTTGTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATtct < 4:96119/275‑1 (MQ=255) ggATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTTCCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGGGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGTCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc < 2:263550/274‑1 (MQ=255) gATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCGGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc < 1:56351/274‑1 (MQ=255) aaTGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAAc > 1:7802/1‑209 (MQ=255) aaTGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGAACGACATTGTGATTTATGTCctgc > 2:216645/1‑275 (MQ=255) gCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTa < 3:7802/209‑1 (MQ=255) cttcGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTTGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGACAAAAGGTGATCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTCCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACCCCGAACGCCACGAAAAAGGGGTGCCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCCCTGGACTCTGATTTATGTCCTGCTGCtt > 4:111951/1‑271 (MQ=255) caccGGTGACATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttt < 6:1207437/149‑1 (MQ=255) accGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCttttt < 6:1086592/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCTGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATTCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAATCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttttt > 6:140745/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttttt < 5:1231721/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTg < 5:930743/149‑1 (MQ=255) ggTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc < 8:263222/149‑1 (MQ=255) tGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCt > 7:437330/1‑149 (MQ=255) gctaTCTATCGCCAGTTTTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATACTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGTGCATCATAGGCAAAAAGGCCTGTTTGccca < 8:343952/146‑3 (MQ=255) gCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTg < 5:813758/149‑1 (MQ=255) cATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGt < 6:799438/149‑1 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt > 7:21752/1‑149 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt < 8:712274/149‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAAc < 7:160507/149‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAAc < 8:1120249/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 7:926423/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 8:12195/149‑1 (MQ=255) gtgcgttATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGAGCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCAAACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGAcg < 2:80769/268‑1 (MQ=255) ttCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGtt > 5:1253066/1‑149 (MQ=255) tctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTaa < 5:792246/149‑1 (MQ=255) tctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCAGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTaa > 5:1196315/1‑149 (MQ=255) tATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAAcc > 7:313716/1‑149 (MQ=255) tATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAAcc > 7:1265169/1‑149 (MQ=255) tATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTc > 4:43190/1‑274 (MQ=255) ccATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAAc > 7:1007692/1‑149 (MQ=255) ccATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAAc < 8:418669/149‑1 (MQ=255) cATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACg > 6:11516/1‑149 (MQ=255) gttgCGGCGGTGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCCGCATGGTTTTCCTGTTCCTGTGTTTGCCGACGTCTTTCTTACCGCTGGa > 4:12456/1‑275 (MQ=255) ttgCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGaa < 8:1038952/149‑1 (MQ=255) cggcgATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGc < 8:1265169/149‑1 (MQ=255) tGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGaaaaa < 8:804741/149‑1 (MQ=255) cTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAgg > 5:1278743/1‑149 (MQ=255) cTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAgg > 7:1099327/1‑149 (MQ=255) tCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGt < 8:593230/149‑1 (MQ=255) catgaCTGGTAGCGAGGATCCTCACTCAGGGTCTGTGTGCCACACTACTGAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTtac < 2:191959/270‑1 (MQ=255) gTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGc < 6:852970/149‑1 (MQ=255) gTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaa > 4:17714/1‑146 (MQ=255) gTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAAt > 6:948181/1‑149 (MQ=255) tAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGCGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTTTTACCGTTGGAAGCCCGGTGCCTGTTTCCTACCTTGGTa > 4:221281/1‑275 (MQ=255) gCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATtct < 5:868496/149‑1 (MQ=255) gatgatCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTcc > 8:654024/1‑149 (MQ=255) atgatCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCa > 5:748366/1‑149 (MQ=255) atgatCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACatt > 2:333729/1‑272 (MQ=255) ccTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTa < 5:521533/149‑1 (MQ=255) cTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTATGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAACAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGATCGCTACGCAAAAGGGGTGGCGACAATTCTCCACCCTAg > 8:1158046/1‑149 (MQ=255) tCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGc > 6:423262/1‑149 (MQ=255) cTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGc > 7:1058438/1‑73 (MQ=255) tCCTGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCGCTGAAAAGAGGTTAGCATCGTGGGCAGAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTgc > 8:699456/1‑149 (MQ=255) tCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt > 7:708287/1‑87 (MQ=255) ctctGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAggg < 8:1100480/116‑1 (MQ=255) tctGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGa > 5:1039457/1‑149 (MQ=255) tgtgtgCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGAtt > 5:949372/1‑149 (MQ=255) gCCAAACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAacaaca < 2:134583/275‑1 (MQ=255) ccACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATtct < 4:359219/121‑1 (MQ=255) cacaCTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTa > 2:380996/1‑128 (MQ=255) acacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTa > 8:887123/1‑149 (MQ=255) acacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTa > 5:596376/1‑149 (MQ=255) acacTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTa > 5:474165/1‑149 (MQ=255) cacTACTTACGCAACTGAACAAAGGTGAGCATCATGGGAAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 6:506861/149‑1 (MQ=255) ctTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCct > 7:1230378/1‑149 (MQ=255) ctTAAGCAACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGAGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTAAACGCAACAACAGACCCTGaa < 2:111951/275‑1 (MQ=255) ttAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGCGGCGAAAATGCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGGCctg > 8:1229633/1‑149 (MQ=255) tAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCCAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCctgt < 6:1254342/149‑2 (MQ=255) aGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaaaa > 6:227548/1‑105 (MQ=255) aGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGaaaa < 5:227548/105‑1 (MQ=255) ccACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGAtt < 5:1007393/129‑1 (MQ=255) ccACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGAtt > 6:1007393/1‑129 (MQ=255) aCTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTg > 5:1316006/1‑149 (MQ=255) aCTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTg > 5:1475763/1‑149 (MQ=255) aCTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGTAAGACCGTGGCCTGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCACCCCAACACCATCCCCTACAAGTCGtct > 4:280675/1‑273 (MQ=255) tGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACAGACCCTGAAAGTCGTTGa > 4:196267/1‑274 (MQ=255) gTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTcc < 8:969806/129‑1 (MQ=255) gAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCgaga < 2:176916/274‑1 (MQ=255) gCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGGTTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcc < 5:921729/149‑1 (MQ=255) atcatGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctg < 5:164789/149‑1 (MQ=255) tcatGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgt > 7:402607/1‑149 (MQ=255) catGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgtt < 6:1312877/149‑1 (MQ=255) accaggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgt > 7:797527/5‑148 (MQ=255) atGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt > 6:1259597/1‑116 (MQ=255) atGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTAt < 5:1259597/116‑1 (MQ=255) caggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctgttcc > 5:1435123/3‑149 (MQ=255) caggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGtgttcctg > 6:665875/3‑145 (MQ=255) gggCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGATACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct < 5:1115166/149‑1 (MQ=255) cAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCg > 8:1402677/1‑149 (MQ=255) aaaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGttt > 6:1406352/1‑149 (MQ=255) aaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTg > 8:456178/1‑149 (MQ=255) aGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGc < 7:714346/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGc < 6:834075/149‑1 (MQ=255) ggCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGcc > 7:113599/1‑149 (MQ=255) gCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGAt < 8:38425/100‑1 (MQ=255) gCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGAt > 7:38425/1‑100 (MQ=255) ttttttGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGAc > 7:522433/1‑149 (MQ=255) ttttttGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGAc > 5:380485/1‑149 (MQ=255) | AGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACAGACCCTGAAAGTCGTTGAGCAAATCGAGAA > NC_000913/2588855‑2589378 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |