| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,291,513 | T→C | 5.9% | M1A (GTG→GCG) †‡ | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,291,513 | 0 | T | C | 5.9% | 501.8 / 14.8 | 152 | M1A (GTG→GCG) †‡ | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/61); new base C (5/4); total (87/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TCTGGACGTGGTGGTTCTGGCTTGGTGTCGCCGGGCTGGGGCTGATTGTGCCAATGCTGCTCAAACCGTGGGTCAATCGCAGTTCCGGCATTCCTGCCGTGCTGGCGGCGTGTGGGGCCAGTCTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATTCTCTACGCCGGACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCCTGCTGCTCGCCTTTGGCGTACTGACGTATTGTTTTCTCATCAGCGATTTCTCGGTCATTTATGTCGCGCAACATAGCTATAGCCTGCTGTCGTGGGAACTCAAGCTGGCAGCGGTGTGGGGCGGCCATGAAGGTTCGCTGCTGCTTTGGGT > NC_000913/4291248‑4291759 | gcTGGACGTGGTGGTTCTGGCTTGGTGTCGCCGGGCTGGGGCTGATTGTGCCAATGCTGCTCGAACCGTGGGTCAATCGCAGTTCCGGCATTCCTGCCGTGCTGGCGGCGTGTGGGGCCAGTCTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATTCTCTACGCCGGACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTTTGGACGTATTCCTTCATGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGAccc < 2:104140/273‑1 (MQ=255) tgcaCGTGGTGGTTCTGGCTTGGTGTCGCCGGGCTGGGGGTGATTGGGCCAATGCTGCTCAAACCGTGGGTCGATCGCAGTTGCGGCATTCCTGCCGTGCTGGCGGCGTGTGGGGCCAGTCTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATTCTCTTCGCCGGACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCga < 2:177983/272‑2 (MQ=255) tcagggCTTGGTGTCGCCGGGCTGGGGCTGGTTGTGGCAATGCTGCTGAATGCGTGGGTGAATCGCGGTTCCGGGATTCCGGCCGTGCTGGGTGCGTGGGGGGCCAGTGTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATGCTCTACGCCGGACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTcg < 4:284398/271‑1 (MQ=255) ggggctgATTGTGCCAATGCTGCTCAAACCGTGGGTCAATCGCAGTTCCGGCATTCCTGCCGTGCTGGCGGCGTGTGGGGCCAGTCTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATTCTCTCCGCCGGACAGTTGACNGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTTTTCANTCTCGGGTTCAATGTGTTGCCCACGTTGACNNCGTTCGGGGGGTTGTGGTTggtcgtgcgt > 3:50574/1‑266 (MQ=255) 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TCTGGACGTGGTGGTTCTGGCTTGGTGTCGCCGGGCTGGGGCTGATTGTGCCAATGCTGCTCAAACCGTGGGTCAATCGCAGTTCCGGCATTCCTGCCGTGCTGGCGGCGTGTGGGGCCAGTCTGGTCGGCGTGTTGATGCTGCGCTTTTTCATTCTCTACGCCGGACAGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCCTGCTGCTCGCCTTTGGCGTACTGACGTATTGTTTTCTCATCAGCGATTTCTCGGTCATTTATGTCGCGCAACATAGCTATAGCCTGCTGTCGTGGGAACTCAAGCTGGCAGCGGTGTGGGGCGGCCATGAAGGTTCGCTGCTGCTTTGGGT > NC_000913/4291248‑4291759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |