| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 958,771 | A→T | 6.0% | intergenic (+30/‑41) | serC → / → aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 958,771 | 0 | A | T | 6.0% | 794.7 / 28.0 | 226 | intergenic (+30/‑41) | serC/aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/118); new base T (8/6); total (102/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGC > NC_000913/958501‑959007 | aCCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCTTGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAACTTTTGCTTCATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtt > 2:254792/1‑275 (MQ=255) 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> 5:1246214/1‑149 (MQ=255) cccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 8:1358008/1‑149 (MQ=255) cccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa < 6:623587/115‑1 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCt > 8:881873/1‑102 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCt < 7:881873/102‑1 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTgg > 7:1154865/1‑143 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt > 7:769391/1‑149 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt > 6:897620/1‑149 (MQ=255) acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 5:707306/136‑1 (MQ=255) gccagccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGca < 5:267431/149‑1 (MQ=255) | CGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGC > NC_000913/958501‑959007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |