| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,292,474 | T→C | 5.3% | intergenic (+109/+35) | galU → / ← hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,474 | 0 | T | C | 5.3% | 569.9 / 12.1 | 172 | intergenic (+109/+35) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/73); new base C (5/4); total (91/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GATCGAAAAAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGCAGTTCGTTCGGGTCAATACCGTCAGCGATCAGCATTTCGCGATATTGCTG > NC_000913/1292200‑1292748 | gATCGAAAAAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTTTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCAGCC‑GCt > 1:49577/1‑275 (MQ=255) gTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTACATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAATGATTATTTCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGTTTTACCTTGCTCATCCATTGTTTTTTTGATTTCAGCt > 2:12041/1‑275 (MQ=255) caagtaaTGTAAAGCCTGGGTTTAAGAAGAGATGGGCCTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGGGCAATCTACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGc < 1:34523/270‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTg < 5:529740/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCggg > 6:814266/1‑149 (MQ=255) tGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGa > 8:873506/1‑149 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAt < 8:127609/149‑1 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt < 8:883040/149‑1 (MQ=255) gaagagGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCGCGAAAAGGCGTTGAGCAATCGCCGCAGTTTTTTTATAGCTTATTCTTAAAAAATTGTCTTAACCCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 6:514811/149‑1 (MQ=255) gaagaaGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 7:123241/149‑1 (MQ=255) gtagagATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 8:1000462/3‑141 (MQ=255) gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGC‑GGCGGGAt < 7:1000462/141‑1 (MQ=255) gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 5:446038/1‑141 (MQ=255) gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt < 6:446038/141‑1 (MQ=255) agaTGGGCATTTAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGAAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa > 8:135343/1‑142 (MQ=255) tGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCaa < 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< 6:1036618/149‑1 (MQ=255) aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa > 5:405819/1‑149 (MQ=255) tAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAACGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTTGCCAGTCCAGGTTTTCGTTTCGCCGTTTTCGTCAATGTAGCTATAttt > 4:15269/1‑275 (MQ=255) tAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGatta < 8:13709/149‑1 (MQ=255) aTCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGc > 7:730512/1‑149 (MQ=255) gTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGa < 7:796668/149‑1 (MQ=255) tATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAt > 8:1379095/1‑149 (MQ=255) tgtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 7:1437192/110‑1 (MQ=255) ttATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAt > 7:1373944/1‑149 (MQ=255) tATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtc < 8:391434/149‑1 (MQ=255) tCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgt < 5:820700/149‑1 (MQ=255) ccACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAg < 2:331692/105‑1 (MQ=255) ccACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtc < 8:580635/149‑1 (MQ=255) cACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtcg > 5:219454/1‑149 (MQ=255) aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt < 8:81778/113‑1 (MQ=255) aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa > 7:1179704/1‑149 (MQ=255) gAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATTGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAgg > 6:427496/1‑149 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2:293196/1‑275 (MQ=255) gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGt < 6:118008/149‑1 (MQ=255) gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 4:80466/1‑155 (MQ=255) gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGTCTATTCAGCAGTTCGTTCGGGTAAATACCGTCAGCGAt > 2:298015/1‑275 (MQ=255) gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGCAGTTCGTTCGGGTCAATACCGTCAGCGAt > 4:245882/1‑275 (MQ=255) 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GATCGAAAAAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGCAGTTCGTTCGGGTCAATACCGTCAGCGATCAGCATTTCGCGATATTGCTG > NC_000913/1292200‑1292748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |