| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3774261 = | NA (NA) | noncoding (26/99 nt) | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP271 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 696 total aligned reads displayed.
TTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCC > NC_000913/3774088‑3774384 | aatgtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGc < 4:516720‑M1/2‑1 (MQ=255) aatgtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGc < 4:287276‑M1/2‑1 (MQ=255) atgtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGcc < 4:316328‑M1/3‑1 (MQ=255) aTCCCCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGcc < 4:893106/149‑1 (MQ=255) aTCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGcc < 3:1361855/149‑1 (MQ=255) aTCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGcc < 4:737815/149‑1 (MQ=255) tgtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCt > 4:1209670‑M1/146‑149 (MQ=255) tgtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCt > 2:795428‑M1/146‑149 (MQ=255) tCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCt > 2:418451/1‑149 (MQ=255) gtttttacccgagagggctggggtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCTg > 1:897338‑M1/145‑149 (MQ=255) tttttaccagagagggctggggtgaggtttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCTGa > 1:918043‑M1/144‑149 (MQ=255) ccAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGAt > 3:508266/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATg > 3:689720/1‑149 (MQ=255) 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> 2:1431844/1‑149 (MQ=255) cccACCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCTTCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTctcctc > 1:402260/1‑149 (MQ=37) cccACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTctcctc > 2:699834/1‑149 (MQ=255) ccACCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAAGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCa > 1:435921/1‑149 (MQ=25) cACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCAc > 1:724442/1‑149 (MQ=255) cACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCAc > 2:1327654/1‑149 (MQ=255) aCCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACg > 2:33018/1‑149 (MQ=255) cccTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGG > 2:730754‑M1/1‑149 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA > 4:1045246‑M1/1‑149 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA > 3:932469‑M1/1‑149 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA > 2:115048‑M1/1‑149 (MQ=255) ctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTAATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAG < 4:1279049‑M1/149‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGgcgtaag > 1:683792/1‑108 (MQ=255) acaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGtt > 4:1244956/1‑149 (MQ=255) gagaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGt > 3:837206/1‑149 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGa < 4:1014352/149‑1 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGa < 3:302689/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAg < 1:172967/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAg < 2:989311/149‑1 (MQ=255) aGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAgg < 2:95766/149‑1 (MQ=255) aGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAg < 3:1040371/148‑1 (MQ=255) atgcatcctgtagGCCTGATAAGCGTA‑GCGCATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGttt > 2:6712‑M1/14‑140 (MQ=255) gTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAG < 2:258083‑M1/127‑1 (MQ=255) ttAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGcc < 1:1337441/149‑1 (MQ=255) ttAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGcc > 2:128369/1‑149 (MQ=255) ttAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGACTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGcc < 3:1257194/149‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTAGGGTGAgg < 3:896154‑M1/135‑1 (MQ=255) | TTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGC‑TACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCC > NC_000913/3774088‑3774384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |