| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,141,151 | T→C | 5.8% | intergenic (+165/+31) | flgL → / ← rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,141,151 | 0 | T | C | 5.8% | 401.3 / 10.3 | 120 | intergenic (+165/+31) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/56); new base C (2/5); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGC > NC_000913/1141004‑1141299 | tCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGtt < 2:1124244/149‑1 (MQ=255) aTGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTAc > 1:619260/1‑149 (MQ=255) aTGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTAc > 3:88928/1‑149 (MQ=255) 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aaaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGc > 4:936349/1‑149 (MQ=255) aaaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGc > 2:1226939/1‑149 (MQ=255) aaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCatgat < 2:489463/89‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCatgat > 1:489463/1‑89 (MQ=255) aaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGcc > 1:1283395/1‑149 (MQ=255) aaGCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAg > 2:1425195/1‑149 (MQ=255) aaGCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAg > 4:1212474/1‑149 (MQ=255) cccTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCa > 2:378465/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACt < 3:634450/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACt > 2:931929/1‑149 (MQ=255) ggCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACtgt > 4:421227/1‑149 (MQ=255) cAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGa < 1:1479428/149‑1 (MQ=255) ttACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGAcgc > 3:238611/1‑149 (MQ=255) ttACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGCCACTGTGAcgc < 1:771247/149‑1 (MQ=255) | TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGC > NC_000913/1141004‑1141299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |