| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,200,991 | A→T | 5.7% | intergenic (‑26/‑216) | ygiF ← / → ygiM | inorganic triphosphatase/SH3 domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,200,991 | 0 | A | T | 5.7% | 619.7 / 18.5 | 176 | intergenic (‑26/‑216) | ygiF/ygiM | inorganic triphosphatase/SH3 domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/80); new base T (5/5); total (91/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGA > NC_000913/3200846‑3201139 | taAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAg > 4:399895/1‑149 (MQ=255) taAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAg > 2:1418274/1‑149 (MQ=255) taAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAg > 1:518297/1‑149 (MQ=255) 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cacaTAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGt < 1:1243992/115‑1 (MQ=255) acaTAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTc < 3:1081474/149‑1 (MQ=255) | GTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGA > NC_000913/3200846‑3201139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |