| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,471,357 | C→T | 5.5% | intergenic (‑28/+43) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,357 | 0 | C | T | 5.5% | 538.7 / 14.7 | 162 | intergenic (‑28/+43) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/85); new base T (4/5); total (72/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGC > NC_000913/3471209‑3471505 | cgTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTcc < 4:603759/149‑1 (MQ=255) ttttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa < 1:1109526/149‑1 (MQ=255) ttttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa > 4:1314702/1‑149 (MQ=255) ttttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa > 1:65090/1‑149 (MQ=255) tttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAg < 3:374387/149‑1 (MQ=255) ttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAgg < 1:22637/149‑1 (MQ=255) aGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgag > 3:1331628/1‑149 (MQ=255) gCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgaga < 1:1104793/149‑1 (MQ=255) 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tcccgTGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAAt > 3:1299545/5‑122 (MQ=39) tataGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTg < 4:584665/149‑1 (MQ=255) tataGTGCTCTCCCCTACAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTg < 1:1323394/149‑1 (MQ=255) ataGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTgg < 2:1323378/149‑1 (MQ=255) aGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc < 4:1287364/149‑1 (MQ=255) 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cccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGc > 3:910314/1‑149 (MQ=255) cccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGc > 2:1018102/1‑149 (MQ=255) | CGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGC > NC_000913/3471209‑3471505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |