| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,814,164 | G→A | 5.1% | G78D (GGT→GAT) | dut → | deoxyuridinetriphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,814,164 | 0 | G | A | 5.1% | 2308.9 / 69.8 | 681 | G78D (GGT→GAT) | dut | deoxyuridinetriphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (326/320); new base A (19/16); total (345/336) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 688 total aligned reads displayed.
GGACTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACAGGCT > NC_000913/3814016‑3814312 | gACTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGt < 2:447789/149‑1 (MQ=255) cTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTAt < 4:735460/149‑1 (MQ=255) cTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTa < 3:448764/142‑1 (MQ=255) cTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCt > 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gTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGACTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGt < 3:1185114/149‑1 (MQ=255) tGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTa > 2:1271035/1‑149 (MQ=255) gCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTaa > 4:1224130/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAcc < 4:964636/149‑1 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAcc > 4:471105/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAcc > 1:447723/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAcc > 2:58428/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAcc < 1:141822/149‑1 (MQ=255) tGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCt > 3:950585/1‑149 (MQ=255) tGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCt < 2:306955/149‑1 (MQ=255) tGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCt < 1:489153/149‑1 (MQ=255) tGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCt > 1:300928/1‑149 (MQ=255) tctcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGCTTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTgg > 2:1048570/1‑149 (MQ=255) tcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTa > 2:25069/1‑149 (MQ=255) tcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTa < 1:230080/149‑1 (MQ=255) aaCGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAgg < 4:329009/149‑1 (MQ=255) acgacgCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGa > 2:347569/1‑149 (MQ=255) gacgCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGAtt > 4:658150/1‑149 (MQ=255) acgCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTg > 3:72573/1‑149 (MQ=255) gCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGAt < 3:1323121/149‑1 (MQ=255) gCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGAt < 3:1133454/149‑1 (MQ=255) cGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCg > 4:1349499/1‑149 (MQ=255) gTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGa < 3:1109311/149‑1 (MQ=255) aaCTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCt < 2:1407112/149‑1 (MQ=255) cTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGa < 3:604946/149‑1 (MQ=255) 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1:1174788/1‑149 (MQ=255) cGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAg < 1:726848/149‑1 (MQ=255) gggTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAgg < 3:144526/149‑1 (MQ=255) gACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATTCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGcaa < 4:1112372/149‑3 (MQ=255) acTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGtt > 3:1353743/1‑149 (MQ=255) tACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtga > 2:1361496/1‑149 (MQ=255) tACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtga < 1:1007620/149‑1 (MQ=255) tACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtga < 1:98735/149‑1 (MQ=255) aCGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtgat < 2:1184340/149‑1 (MQ=255) gCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtgatga < 1:1133583/149‑1 (MQ=255) tGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGAtt > 3:293771/1‑149 (MQ=255) 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gcgcTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCACCCAga > 1:676873/1‑149 (MQ=255) tCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAgatgat < 1:1205288/149‑1 (MQ=255) ccGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGCCAGCTTCACCATTCTACCTg < 2:991819/126‑1 (MQ=255) cGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGAttt < 4:1146076/149‑1 (MQ=255) cGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGAttt > 2:809020/1‑149 (MQ=255) ggACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGAttttt > 4:574289/1‑144 (MQ=255) aCATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCgg < 4:137769/149‑1 (MQ=255) aCATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCgg < 2:121640/149‑1 (MQ=255) ccaaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgta > 3:1378489/3‑149 (MQ=255) aTAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCAt < 2:1323145/106‑1 (MQ=255) aTAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgta > 4:879439/1‑149 (MQ=255) aTAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTACCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgta < 3:384788/149‑1 (MQ=255) caaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGCACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCAGgtag > 3:780708/2‑149 (MQ=255) caaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGtt < 1:928876/141‑1 (MQ=255) caaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtag > 3:981542/2‑149 (MQ=255) aGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtagta > 1:404660/1‑149 (MQ=255) aGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtagta > 4:431931/1‑149 (MQ=255) gCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTAc > 3:336441/1‑149 (MQ=255) cACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACa < 3:500146/149‑1 (MQ=255) | GGACTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACAGGCT > NC_000913/3814016‑3814312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |