| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 21.2% | 119.5 / 17.3 | 66 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/22); new base C (13/1); total (43/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACA‑GGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATT‑TGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTAC > NC_000913/3875247‑3875794 | gtgtgggTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACGTATAATATTGTACTACAATTTAGATAACAAAAAGAATAATGCATAAAAAAAAGACATAGGACTGGAAGAAAGCTGAAAAAGGATATCAGGAGCTAAACA‑GGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTAGTTTAAAGGATTATT‑CATGTAGTGGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGGTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGct < 3:616118/269‑1 (MQ=255) tGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACA‑GGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTccc > 2:171144/1‑276 (MQ=255) agttaataaaaaCGTATATTGGTTGAGTAAAAGTTAAATTACAAAAAGAACAAGGAAAAAAAAAATGACATAGGTAGGGAAGAAAGATGAAAAGGGATAGCAGGAGATAAACA‑GGCGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACTGCCTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 4:305453/267‑1 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACA‑GGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGtt > 1:224109/1‑275 (MQ=255) 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cGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTCCCATAAAAAAAAGAGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTTCCGATGACATAGTTAAGATGCTCaa > 1:574278/1‑274 (MQ=255) cGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATATTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTTTAAGGGAATCGCTGGCTTCACTTTACACTGATGGTGCCGTTGACATTGTTATGactcttaat > 2:324592/1‑267 (MQ=255) aaT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTCGTCTGCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGAGCTATCGCAGGCAACAGATAGGAATGGAAACAAAGGCTATGTTTTTGAAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATTACATCGTTAAGCTGCTCAATGATCCAGCAATTaa > 2:547189/1‑276 (MQ=255) 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4:369412/1‑276 (MQ=255) aTTGTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGTTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGa < 2:369412/276‑1 (MQ=255) gctggcttATTCCCTATAGCCTTGATTGTTTCAGGCTGTATCTCGTATGGTATGGTTTCCCAACCCGTAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCATTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGAt < 4:563788/268‑1 (MQ=255) ccGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGTAATCGCTGGATTACATTAGCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTCAGATGCTCAATAATACAGACATTAACCGGAACAATCTTCATGTGCACTATGACGTAAAAtt‑t > 3:519304/1‑275 (MQ=255) 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cccACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACaa > 1:518931/1‑137 (MQ=255) aCTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCaaaa > 2:422019/1‑118 (MQ=255) cTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAgg < 3:518931/137‑1 (MQ=255) tgcgcTGATGCGTTCAGGCTGTATCTCTTATGCTCTGATTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGAt < 4:422019/117‑1 (MQ=255) cgcTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACCAAAAAGAGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCAAGCAATTAACCGGAACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATT‑TTTTTTAAATTCGGGGtaa > 2:348836/1‑275 (MQ=255) 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GTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACA‑GGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAT‑CATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATT‑TGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTAC > NC_000913/3875247‑3875794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |