| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 6.8% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 6.8% | 1027.7 / 46.4 | 295 | N42I (AAT→ATT) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (129/144); new base T (7/13); total (138/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTC‑TCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTGACGACAATGCCGGGGTATTGGGGCATCCTCTTTGTCTGGGCGCTATTTGGCGTTACTTGCGACATGATGAACTGGCCGGTCTTGCTCAAGTCGGTAAGTCGATTGGGCAATAGCGAACAACAAGGTC > NC_000913/4062117‑4062643 | tACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAttt > 2:562072/1‑249 (MQ=255) cAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTca < 4:562068/249‑1 (MQ=255) ccATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACcg < 1:279294/279‑1 (MQ=255) aTTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAGGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAAcg > 2:102243/1‑252 (MQ=255) ccTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGCAAAAGAACTGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGACAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCCTTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTGCTGTATATTTATTTTGCCAATAAACTACCGAACAGATACACCCTGTCATTc‑tcact > 1:106071/1‑279 (MQ=255) aTTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCCCAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCCCAgt > 2:642742/1‑244 (MQ=255) tAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCATTg < 6:954551/149‑1 (MQ=255) 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aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTC‑TCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTgac < 8:805478/149‑1 (MQ=255) | AAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTC‑TCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTTGACGACAATGCCGGGGTATTGGGGCATCCTCTTTGTCTGGGCGCTATTTGGCGTTACTTGCGACATGATGAACTGGCCGGTCTTGCTCAAGTCGGTAAGTCGATTGGGCAATAGCGAACAACAAGGTC > NC_000913/4062117‑4062643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |