| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,311,830 | A→G | 7.0% | intergenic (+22/+18) | tonB → / ← yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,830 | 0 | A | G | 7.0% | 696.5 / 27.8 | 216 | intergenic (+22/+18) | tonB/yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/99); new base G (9/6); total (111/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCG > NC_000913/1311559‑1312094 | aGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCtt < 2:638760/274‑1 (MQ=255) aCGAGCACAGGCATTGGCCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTGGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATTGCG‑TTATGAGCAGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCATTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCGTTTGACTATTACTCAACAGGTa < 1:24423/279‑1 (MQ=255) gAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAgg > 2:401070/1‑275 (MQ=255) ccggCATTGCGCATGGAAGGGAAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTa < 2:542811/270‑1 (MQ=255) gagtGAAGGGAAGGGTAAAGCTAAACTTGACGGTACGCCGGGTGGACGCGTTGATAACGTACAAATCATGTCGGCCAAGACTGCGAACATGTTTGTGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGAGCAGATGGCG‑GTATGAGCCGGGTAAGCCAGGAAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGTGCGAGGttt < 4:227128/271‑1 (MQ=255) cATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGATTTACt > 1:73657/1‑278 (MQ=255) aaTTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGACGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGTCACCACCTAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTTACTATTAACCAACAGGTAAGGCGCGACGTTTTCCTTCCAGATCAACcgtcacct > 4:415162/1‑268 (MQ=255) tttgaggtacggCCGGATGTGCGGGTGGATAACGAACAAATCCTCTCAGCCATGCCTGCGAACAGGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGAAGATGGGT‑TTATGGGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATAc < 4:94245/263‑1 (MQ=255) aCGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCTGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACcgc > 2:135842/1‑258 (MQ=255) aGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTATGTCGCTTTATAGCTTTGCCCAATTGGTTCaag > 2:293475/1‑272 (MQ=255) 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aaaTTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCACAATTGGTTCAGa < 8:369112/149‑1 (MQ=255) ttCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCa > 5:1423818/1‑144 (MQ=255) cAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCaa > 1:160402/1‑170 (MQ=255) cAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCaa < 3:160402/170‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |