| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,311,831 | C→T | 6.9% | intergenic (+23/+17) | tonB → / ← yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,831 | 0 | C | T | 6.9% | 691.7 / 27.0 | 216 | intergenic (+23/+17) | tonB/yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/100); new base T (9/6); total (110/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-02 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCG > NC_000913/1311559‑1312094 | aaTCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAgg > 4:638755/1‑275 (MQ=255) aGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCtt < 2:638760/274‑1 (MQ=255) aCGAGCACAGGCATTGGCCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTGGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATTGCG‑TTATGAGCAGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCATTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCGTTTGACTATTACTCAACAGGTa < 1:24423/279‑1 (MQ=255) gAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAgg > 2:401070/1‑275 (MQ=255) gagtGAAGGGAAGGGTAAAGCTAAACTTGACGGTACGCCGGGTGGACGCGTTGATAACGTACAAATCATGTCGGCCAAGACTGCGAACATGTTTGTGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGAGCAGATGGCG‑GTATGAGCCGGGTAAGCCAGGAAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGTGCGAGGttt < 4:227128/271‑1 (MQ=255) taaagttaaaTTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGAGAGGTTTTCCTTCAGGATCAAcc > 2:285734/1‑275 (MQ=255) aaTTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGACGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGTCACCACCTAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTTACTATTAACCAACAGGTAAGGCGCGACGTTTTCCTTCCAGATCAACcgtcacct > 4:415162/1‑268 (MQ=255) 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7:1216777/1‑149 (MQ=255) aaaTTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGa < 8:1049510/149‑1 (MQ=255) aaaTTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGa < 6:1723887/149‑1 (MQ=255) aaaTTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCACAATTGGTTCAGa < 8:369112/149‑1 (MQ=255) ttCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCa < 6:1423818/144‑1 (MQ=255) ttCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCa > 5:1423818/1‑144 (MQ=255) 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CCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCG‑TTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCG > NC_000913/1311559‑1312094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |