| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,716,033 | C→A | 8.1% | intergenic (+23/+33) | eamB → / ← grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,033 | 0 | C | A | 8.1% | 584.8 / 32.6 | 172 | intergenic (+23/+33) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (84/74); new base A (7/7); total (91/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-02 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCC > NC_000913/2715885‑2716180 | tttGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGc < 4:875545/149‑1 (MQ=255) ttGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGcc < 4:526816/149‑1 (MQ=255) gCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCctc > 2:586/1‑149 (MQ=255) 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3:550347/1‑149 (MQ=255) ttttCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCgg < 3:1210793/149‑1 (MQ=255) ttttCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCgg > 3:1310303/1‑149 (MQ=255) tttCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGa < 1:19083/149‑1 (MQ=255) tATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATaca > 3:1270437/1‑149 (MQ=255) aTTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCgctgc > 4:1038989/1‑103 (MQ=255) aTTAACGAAAAAAAGCGCAAGAGGTCGCCCTCTTCCGATTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCgctgc < 3:1038989/103‑1 (MQ=255) aaCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGATCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGa > 1:502982/1‑149 (MQ=255) aCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt < 1:1150037/149‑1 (MQ=255) gAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATgg > 4:772554/1‑149 (MQ=255) gAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATgg > 1:918008/1‑149 (MQ=255) aaaaaaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATacac < 1:699602/142‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATacac > 2:699602/1‑142 (MQ=255) aaaaaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTc < 1:1619710/149‑1 (MQ=255) taaGCGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGc > 4:1122901/2‑149 (MQ=255) aaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt < 4:1433010/142‑1 (MQ=255) aaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCt > 1:813127/1‑149 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTcc > 3:826751/1‑93 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCgg > 1:1341297/1‑149 (MQ=255) gAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGa > 3:1157535/1‑149 (MQ=255) gAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCttt < 1:1244650/54‑1 (MQ=37) aaGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTaaa > 4:210215/1‑108 (MQ=255) aaGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTaaa < 3:210215/108‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTcc < 1:999469/149‑1 (MQ=255) cccTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTc < 2:1412447/69‑1 (MQ=255) | TTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCC > NC_000913/2715885‑2716180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |