| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,276,887 | T→C | 6.0% | intergenic (+34/‑115) | garD → / → prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,276,887 | 0 | T | C | 6.0% | 684.3 / 21.4 | 213 | intergenic (+34/‑115) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/97); new base C (7/6); total (110/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGA > NC_000913/3276739‑3277035 | cTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCt < 3:1570295/149‑1 (MQ=255) tGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAGACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCtt < 2:647434/149‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTa < 4:1434039/149‑1 (MQ=255) 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ttAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGa < 4:734242/149‑1 (MQ=255) | CTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGA > NC_000913/3276739‑3277035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |