| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,774,222 | A→G | 6.8% | intergenic (+28/‑202) | mtlA → / → mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,774,222 | 0 | A | G | 6.8% | 3573.2 / 160.9 | 1094 | intergenic (+28/‑202) | mtlA/mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (565/454); new base G (49/26); total (614/480) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1117 total aligned reads displayed.
CGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGG > NC_000913/3774074‑3774370 | gAGCACATTCAGGTTATCACCGGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACTTGGAGAAg < 2:429541/149‑1 (MQ=255) gAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAg > 4:1595986/1‑149 (MQ=255) gAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAg < 3:1371430/149‑1 (MQ=255) 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aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc < 4:1043407/149‑1 (MQ=255) aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc > 1:1168764/1‑149 (MQ=255) aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc > 3:1510401/1‑149 (MQ=255) tccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTctcct > 1:743626/1‑149 (MQ=255) cccACCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATc > 1:1634618/1‑130 (MQ=25) 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aCCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACg > 2:223152/1‑149 (MQ=255) ctctCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTCGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAG > 1:524679‑M1/1‑149 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGa > 4:291431/1‑103 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA < 4:730639‑M1/149‑1 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA < 3:954373‑M1/149‑1 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCCGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGA > 2:1255911‑M1/1‑149 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGG < 3:741905‑M1/149‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGG < 1:445068‑M1/149‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGG > 2:179137‑M1/1‑149 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGG > 3:1047616‑M1/1‑149 (MQ=255) tGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGctggg < 4:823154‑M1/149‑6 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGa < 1:1023210/149‑1 (MQ=255) | CGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGG > NC_000913/3774074‑3774370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |