| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 672,113 | T→C | 5.3% | D25G (GAT→GGT) | lptE ← | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 672,113 | 0 | T | C | 5.3% | 817.0 / 23.6 | 247 | D25G (GAT→GGT) | lptE | LPS assembly OM complex LptDE, lipoprotein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/114); new base C (7/6); total (127/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GGATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAGTAAC > NC_000913/671965‑672260 | gATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATc > 3:738169/1‑149 (MQ=255) aaCGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCa > 1:942727/1‑149 (MQ=255) aaCGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCa < 4:1266486/149‑1 (MQ=255) 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cTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg > 3:168862/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGtt > 3:115707/1‑80 (MQ=255) ggaaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCGACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAAt < 1:468508/149‑1 (MQ=255) aaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCa > 2:1153606/1‑149 (MQ=255) aaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCa < 3:78354/149‑1 (MQ=255) ggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACt < 2:296258/149‑1 (MQ=255) 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> 1:1340580/3‑149 (MQ=255) tcTGCGTGATACCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAc > 3:255795/2‑149 (MQ=255) ccTGCGTGGTATCACGCATATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCTAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAc < 2:1404000/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAc < 4:1650252/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAc < 4:822153/149‑1 (MQ=255) cTGCGTGATACCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACg > 3:1089906/1‑149 (MQ=255) tGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGt > 2:827040/1‑149 (MQ=255) aTCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAGTAAc > 2:268126/1‑149 (MQ=255) tCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTaaa < 4:102767/129‑1 (MQ=255) tCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTaaa > 3:102767/1‑129 (MQ=255) | GGATGGAACGTCCTTACGCGTGGTTTCTTTATCAAGCAACTCGACACCATTCAGACGTAACTGGTTACGCACCGCACGGCTTAATGGCCCGTTCGGATCGCCTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAA‑CACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGTACAGTAAC > NC_000913/671965‑672260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |