| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 756,643 | T→A | 5.5% | I246N (ATT→AAT) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 756,643 | 0 | T | A | 5.5% | 563.2 / 15.5 | 161 | I246N (ATT→AAT) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/74); new base A (3/6); total (81/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
ACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATC > NC_000913/756498‑756791 | aCCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGAGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGc < 3:218628/149‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGcc < 2:58667/149‑1 (MQ=255) tGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCg < 1:1622483/149‑1 (MQ=255) tGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCAATGCCGGtcgg < 1:1180223/149‑4 (MQ=255) ggCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGCACCGGCAATGCCGGtcgg < 1:1310856/149‑4 (MQ=255) ggCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCgg < 3:1040068/149‑1 (MQ=255) gACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCg > 1:967747/1‑149 (MQ=255) cTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTa < 2:1703840/149‑1 (MQ=255) 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ttATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGcc < 1:337446/149‑1 (MQ=255) ttATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGcc < 4:830738/149‑1 (MQ=255) ttATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGcc < 3:1262937/149‑1 (MQ=255) tATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAGTGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCg > 3:1255791/1‑149 (MQ=255) aTCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgt > 4:1051432/1‑149 (MQ=255) 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< 3:281884/149‑1 (MQ=255) ccACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgc > 4:281884/1‑149 (MQ=255) acaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGaa > 3:484483/1‑119 (MQ=255) acaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgctg > 4:430117/1‑149 (MQ=255) acacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaa > 2:941679/1‑149 (MQ=255) cacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCGGGCGTACCGTCGCAGGATATTGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGGATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACGGCAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaac > 2:780338/1‑149 (MQ=255) cacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCAcc < 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cACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGcgcg > 1:1490924/1‑149 (MQ=255) aCCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGt > 1:921285/1‑149 (MQ=255) aCCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGt > 1:741278/1‑149 (MQ=255) cccG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGtt < 3:361857/149‑1 (MQ=255) ccG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTc > 3:532354/1‑149 (MQ=255) cG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATgg > 4:347524/1‑79 (MQ=255) cGGCAATGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGt > 2:725161/1‑127 (MQ=255) aTTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGAt > 4:706731/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCg > 4:528388/1‑72 (MQ=255) ttGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATc < 3:577232/149‑1 (MQ=255) | ACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCG‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATC > NC_000913/756498‑756791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |