| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 773,138 | G→A | 8.1% | G33S (GGC→AGC) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 773,138 | 0 | G | A | 8.1% | 459.1 / 21.2 | 149 | G33S (GGC→AGC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/70); new base A (4/8); total (71/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTGC > NC_000913/772990‑773286 | tGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTgg < 1:196154/149‑1 (MQ=255) aGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGc < 1:84479/149‑1 (MQ=255) gCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCa > 2:1276505/1‑149 (MQ=255) 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tCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATg < 2:845786/149‑1 (MQ=255) cATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCt < 3:796611/149‑1 (MQ=255) aTGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTa > 2:1556327/1‑149 (MQ=255) ggggTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGc > 2:396194/1‑149 (MQ=255) gggCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTg > 3:1651077/1‑149 (MQ=255) | TGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTGC > NC_000913/772990‑773286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |