| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,352,990 | C→A | 40.6% | L213F (TTG→TTT) | sapD ← | antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,352,990 | 0 | C | A | 40.6% | 128.7 / 158.7 | 123 | L213F (TTG→TTT) | sapD | antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/32); new base A (26/24); total (67/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
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ataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGt < 3:922151/149‑1 (MQ=255) taAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt < 2:893359/149‑1 (MQ=255) taAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt < 1:680483/149‑1 (MQ=255) gatgatGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga > 2:286802/1‑149 (MQ=255) atgatgTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAc > 3:135040/1‑149 (MQ=255) 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tCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTc < 4:393501/99‑1 (MQ=255) tGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTatcat < 4:854578/149‑1 (MQ=255) ggCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTatcatc < 2:375497/149‑1 (MQ=255) tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 2:129154/1‑149 (MQ=255) tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 4:695487/1‑149 (MQ=255) tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 2:23588/1‑149 (MQ=255) gATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACtt > 3:238458/1‑149 (MQ=255) aTAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGtt < 3:894955/94‑1 (MQ=255) aTAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGtt > 4:894955/1‑94 (MQ=255) gCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGa < 1:812936/149‑1 (MQ=255) | ATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGA > NC_000913/1352844‑1353137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |