| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,665,671 | C→A | 89.1% | R119R (CGC→CGA) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,665,671 | 0 | C | A | 89.1% | 296.8 / 24.9 | 99 | R119R (CGC→CGA) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/4); new base A (50/38); total (57/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTT > NC_000913/1665527‑1665816 | gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAg > 4:893518/1‑149 (MQ=255)gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAg > 1:567635/1‑149 (MQ=255) aGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGt < 3:78477/149‑1 (MQ=255) gAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTg > 4:117878/1‑149 (MQ=255) aaaTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGc < 2:219289/149‑1 (MQ=255) aTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCga < 2:259745/149‑1 (MQ=255) aTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCga > 1:464435/1‑149 (MQ=255) tttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCgat < 1:202113/149‑1 (MQ=255) ttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatg < 4:181305/149‑1 (MQ=255) aCCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCgatgat > 1:928362/1‑149 (MQ=255) ccgacaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 4:202177/4‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTc > 2:899770/1‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:186277/1‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 2:113572/1‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:527957/1‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:91260/1‑149 (MQ=255) ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:658811/1‑149 (MQ=255) caacaaCGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCt > 2:228474/1‑149 (MQ=255) aacaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCtt > 1:588085/1‑149 (MQ=255) acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCttt > 3:557901/1‑149 (MQ=255) caacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCtttt > 2:171126/1‑149 (MQ=255) aacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTa > 3:770638/1‑149 (MQ=255) aacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTa > 3:783303/1‑149 (MQ=255) ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGc > 4:321897/1‑149 (MQ=255) 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ttATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGtt > 4:485181/1‑149 (MQ=255) ttATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGtt < 3:642809/149‑1 (MQ=255) tatGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTg < 3:118575/149‑1 (MQ=255) atGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGc > 3:758115/1‑149 (MQ=255) tGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGcc > 4:1528/1‑149 (MQ=255) 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tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg > 3:732187/1‑149 (MQ=255) tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg < 1:221084/149‑1 (MQ=255) tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg > 4:18525/1‑149 (MQ=255) tgctgGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAAGTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCt < 3:334776/149‑1 (MQ=255) gctgGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTg > 1:886035/1‑149 (MQ=255) gtagtaACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGc > 1:216701/1‑149 (MQ=255) gtaACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTa > 4:190858/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGt > 4:296043/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTg > 1:83009/1‑149 (MQ=255) aGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGc < 2:216701/149‑1 (MQ=255) gCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGcc > 4:395930/1‑149 (MQ=255) cGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGccc < 2:83009/149‑1 (MQ=255) gCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCg > 2:158444/1‑149 (MQ=255) cAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGc < 1:256717/149‑1 (MQ=255) aGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCt > 1:601303/1‑149 (MQ=255) gTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCtt < 1:741214/149‑1 (MQ=255) gCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGc > 1:5386/1‑149 (MQ=255) cAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCt < 3:190858/149‑1 (MQ=255) cAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCt < 2:675435/149‑1 (MQ=255) aaTTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGTCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTg > 2:676028/1‑149 (MQ=255) aTTGGTCGAGACGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTgg > 4:559969/1‑149 (MQ=255) tGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCa < 1:510792/149‑1 (MQ=255) tCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGtt > 2:452511/1‑149 (MQ=255) tCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGtt < 2:378128/149‑1 (MQ=255) | GCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTT > NC_000913/1665527‑1665816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |