| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,962 | G→T | 80.8% | T79K (ACG→AAG) | flhD ← | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,962 | 0 | G | T | 80.8% | 287.9 / 78.7 | 125 | T79K (ACG→AAG) | flhD | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/12); new base T (48/53); total (60/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCG > NC_000913/1977818‑1978105 | ttCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCaa < 1:71153/149‑1 (MQ=255) tGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGa > 1:221090/1‑149 (MQ=255) tGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGa > 2:340182/1‑149 (MQ=255) tGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGa > 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tCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATGATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGt < 2:770913/149‑1 (MQ=255) tCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGt > 2:617909/1‑149 (MQ=255) tCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGt > 4:741264/1‑149 (MQ=255) tCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCCGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGt > 4:797191/1‑149 (MQ=255) gATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCaaa > 2:495230/1‑149 (MQ=255) 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gTCAACGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCga > 4:401296/1‑149 (MQ=255) tCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCgag > 1:517463/1‑149 (MQ=255) aaCGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGTCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGAc > 1:153247/1‑149 (MQ=255) aaCGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATttc < 2:354769/132‑1 (MQ=255) aaCGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATttc > 1:354769/1‑132 (MQ=255) aCGCGGGAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGTAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGTGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACg > 4:621218/1‑149 (MQ=255) aCGCGGGAATCTAGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACg > 3:68085/1‑149 (MQ=255) gggAATCTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCAttt < 4:41733/90‑1 (MQ=255) gAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACAt > 1:571036/1‑149 (MQ=255) tCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGc < 2:517463/149‑1 (MQ=255) cTTGCTTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCg > 3:703868/1‑149 (MQ=255) | TTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCG > NC_000913/1977818‑1978105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |