| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,716,030 | T→G | 10.4% | intergenic (+20/+36) | eamB → / ← grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,030 | 0 | T | G | 10.4% | 254.0 / 25.2 | 87 | intergenic (+20/+36) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/38); new base G (3/6); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
CGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAC‑TTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATAT > NC_000913/2715883‑2716174 | cGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTc < 1:836349/149‑1 (MQ=255) tttGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGc > 1:566912/1‑149 (MQ=255) tGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCT‑ATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGccc < 2:529081/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/2715883‑2716174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |