| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,929 | A→C | 5.4% | intergenic (‑121/+18) | argO ← / ← mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,929 | 0 | A | C | 5.4% | 318.4 / 7.7 | 92 | intergenic (‑121/+18) | argO/mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/45); new base C (3/2); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTG > NC_000913/3068786‑3069069 | ccTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTgg < 3:768488/149‑1 (MQ=255) cTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGc > 1:895562/1‑149 (MQ=255) ttGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGATAATACTCTCTGGcc > 4:7413/1‑149 (MQ=255) tGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGATAATACTCTCTGGCCt < 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aaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAg > 2:43898/1‑149 (MQ=255) taataaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGcac > 3:84776/1‑149 (MQ=255) aataaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGcaca > 3:432810/1‑149 (MQ=255) aaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATcc < 3:160136/149‑1 (MQ=255) gagagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGTACATCCCa > 2:765092/1‑149 (MQ=255) gagagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCa < 2:862539/149‑1 (MQ=255) cAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 2:127320/1‑149 (MQ=255) agagagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGttt < 1:203037/149‑1 (MQ=255) gagagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtttt > 4:739927/1‑149 (MQ=255) agagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCGCATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTg > 1:712021/1‑149 (MQ=255) tattatCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCgg > 2:14262/1‑73 (MQ=255) tattatCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCgg < 1:14262/73‑1 (MQ=255) | CCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTG > NC_000913/3068786‑3069069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |