| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,238,705 | G→A | 5.4% | A42A (GCG→GCA) | alx → | putative membrane‑bound redox modulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,238,705 | 0 | G | A | 5.4% | 301.5 / 5.6 | 93 | A42A (GCG→GCA) | alx | putative membrane‑bound redox modulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/46); new base A (3/2); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
TTATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTGGCG > NC_000913/3238561‑3238849 | ttATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCt < 1:137078/149‑1 (MQ=255)ttATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCt < 2:140063/149‑1 (MQ=255)ttATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCt < 3:531181/149‑1 (MQ=255) aTGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTgg > 4:618648/1‑149 (MQ=255) gtAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGc < 1:472474/149‑1 (MQ=255) tAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCt < 1:111125/149‑1 (MQ=255) tAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCt > 1:310668/1‑149 (MQ=255) tAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCt > 3:395402/1‑149 (MQ=255) tAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCt < 4:511032/149‑1 (MQ=255) aaGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTg < 4:460721/149‑1 (MQ=255) ggAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGt > 1:77142/1‑149 (MQ=255) gAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGATACAGGCTGCGGCCTGGTCGGTGGTc > 3:367674/1‑149 (MQ=255) cTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 2:537480/149‑1 (MQ=255) cTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 2:557221/149‑1 (MQ=255) cTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 1:820606/149‑1 (MQ=255) cTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 1:589725/149‑1 (MQ=255) cTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 1:498408/149‑1 (MQ=255) ttCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTggg < 1:346533/149‑1 (MQ=255) tCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGt < 1:62018/149‑1 (MQ=255) tCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGt > 2:598887/1‑149 (MQ=255) tCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGt < 3:285147/149‑1 (MQ=255) aTGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGAGCATGGAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGAc > 2:513694/1‑149 (MQ=255) tACTGTGGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGt < 3:618648/149‑1 (MQ=255) cTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCg < 2:607517/149‑1 (MQ=255) tGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg > 3:719303/1‑136 (MQ=255) tGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTgg < 4:719303/136‑1 (MQ=255) tCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGCTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTa < 2:521306/149‑1 (MQ=255) gCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTg > 1:755608/1‑149 (MQ=255) gCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCAACCCGTTGTTGCAGGGGAGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGGTGCGGCATGGCCGCTGGCCTGGGTGACGCTGTCGTTACTg > 4:361557/1‑149 (MQ=255) 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ttATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGt > 3:143204/1‑149 (MQ=255) tGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGcc > 2:471564/1‑149 (MQ=255) tGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGcc > 1:535702/1‑149 (MQ=255) ggCGATCGACCGGTGGGTGGGGGGACGTCGTGGGGCACAGGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCg > 2:296151/1‑149 (MQ=255) aTCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGc < 3:871661/149‑1 (MQ=255) 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atgaccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGAt > 1:470822/1‑149 (MQ=255) tgaccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGAtt < 3:723488/149‑1 (MQ=255) tgaccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGAtt < 2:524094/149‑1 (MQ=255) tgaccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGAtt < 3:323274/149‑1 (MQ=255) tgaccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTAGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGAtt < 2:278281/149‑1 (MQ=255) accatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTga < 4:819971/149‑1 (MQ=255) ccatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTgag < 1:3055/149‑1 (MQ=255) catgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTgaga > 1:452631/1‑149 (MQ=255) atgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGaa > 2:702280/1‑149 (MQ=255) gaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTCTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGACAAAt < 2:535702/149‑1 (MQ=255) gaccAGGCCGCAGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCt < 4:494508/134‑1 (MQ=255) gaccAGGCCGCAGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCt > 3:494508/4‑137 (MQ=255) gaccAGGCCGCAGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATc > 1:703489/4‑149 (MQ=255) aGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTg > 1:546654/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTGGCg < 1:598887/149‑1 (MQ=255) | TTATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTGGCG > NC_000913/3238561‑3238849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |