| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,313,209 | T→C | 7.9% | intergenic (‑31/+133) | rbfA ← / ← infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,313,209 | 0 | T | C | 7.9% | 281.6 / 11.4 | 89 | intergenic (‑31/+133) | rbfA/infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/40); new base C (4/3); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
CGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTAC > NC_000913/3313061‑3313355 | cGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGtt > 2:715112/1‑149 (MQ=255) ggAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTa < 4:774690/149‑1 (MQ=255) gAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGAGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAg < 1:520906/149‑1 (MQ=255) aaaCGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGc > 2:506980/1‑149 (MQ=255) aCGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACAAAATTCTTTCGCCATACTAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGccc < 2:109591/149‑1 (MQ=255) ggtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCt > 1:383488/1‑149 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtt > 1:161849/1‑149 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtt < 1:506980/149‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttt < 4:27798/149‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCttt < 4:443345/149‑1 (MQ=255) tggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTAACAGCCCCttt < 4:345902/149‑1 (MQ=255) ggtCATCATGCCCAGGGGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGTCCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCGGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCtttt < 3:67272/149‑1 (MQ=255) atcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaa > 1:647745/1‑149 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa > 3:126768/1‑149 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa > 2:304710/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaatt > 1:5325/1‑149 (MQ=255) aGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATACTAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa > 4:536988/1‑141 (MQ=255) aGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa < 3:536988/141‑1 (MQ=255) gCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAg < 1:501182/149‑1 (MQ=255) gCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAg < 1:304710/149‑1 (MQ=255) ggATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTgg > 2:5353/1‑149 (MQ=255) aTCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGaa > 2:479402/1‑149 (MQ=255) cTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAgg < 3:17379/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:901296/1‑149 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg < 3:879212/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg < 2:40986/149‑1 (MQ=255) tttAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:46085/1‑149 (MQ=255) aaTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg < 2:5325/149‑1 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaa < 1:347144/129‑1 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaa > 2:347144/1‑129 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGtt > 3:125996/1‑149 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGtt > 1:108504/1‑149 (MQ=255) gCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt > 3:671114/1‑149 (MQ=255) gCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGAc < 2:785300/149‑1 (MQ=255) gCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGAc < 3:1835/149‑1 (MQ=255) aGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTAACAGCCCCtttttt > 3:264747/1‑110 (MQ=255) aGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTAACAGCCCCtttttt < 4:264747/111‑2 (MQ=255) tGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATa < 4:824610/149‑1 (MQ=255) gagaGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATaa < 4:598127/149‑1 (MQ=255) cGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcgc < 4:167959/149‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACgcgc < 3:664071/149‑1 (MQ=255) tctcTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGa < 2:203312/133‑1 (MQ=255) tctcTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGa > 1:203312/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGcc > 3:863295/1‑149 (MQ=255) tctTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAg > 1:597605/1‑149 (MQ=255) ttGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca < 1:715112/149‑1 (MQ=255) cATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACAt > 1:695446/1‑149 (MQ=255) aTTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATc < 4:312245/149‑1 (MQ=255) tCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg < 4:449229/149‑1 (MQ=255) tACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCAt < 2:695446/149‑1 (MQ=255) cgcgCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGc < 3:721690/149‑1 (MQ=255) tGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGAt < 4:671114/149‑1 (MQ=255) gCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGc < 1:5353/149‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAAc > 4:370153/1‑149 (MQ=255) aaaTTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAAc > 4:425790/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |