| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,357 | 0 | C | T | 9.4% | 453.1 / 27.7 | 148 | intergenic (‑28/+43) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/71); new base T (6/8); total (69/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGC > NC_000913/3471209‑3471505 | cgTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTcc > 1:323775/1‑149 (MQ=255) tttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAg < 3:345485/149‑1 (MQ=255) ttAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCTCCtgaagg < 2:499602/149‑6 (MQ=255) 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cgTGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTc > 4:568888/2‑149 (MQ=255) tGCTCTCTCCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCag > 3:457380/1‑149 (MQ=255) tGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCag < 1:150821/149‑1 (MQ=255) gCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCaga > 4:27895/1‑149 (MQ=255) tctctcCTGAAGGGGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGgcgc < 2:590178/95‑1 (MQ=255) tcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAAc > 3:577644/1‑149 (MQ=255) tcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAAc > 2:260672/1‑149 (MQ=255) tcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAAc > 4:832427/1‑149 (MQ=255) tcCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAAc > 3:865397/1‑149 (MQ=255) cccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGc > 2:620438/1‑149 (MQ=255) cccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGc < 2:175627/149‑1 (MQ=255) | CGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGC > NC_000913/3471209‑3471505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |