| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,967,705 | T→A | 6.3% | intergenic (+29/‑211) | rho → / → wecA | transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,967,705 | 0 | T | A | 6.3% | 338.0 / 10.6 | 95 | intergenic (+29/‑211) | rho/wecA | transcription termination factor/UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/42); new base A (2/4); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTC > NC_000913/3967562‑3967852 | ccTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACg < 3:190634/149‑1 (MQ=255) cTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGt < 4:152955/149‑1 (MQ=255) cTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGt > 4:662320/1‑149 (MQ=255) tGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTg < 1:813667/149‑1 (MQ=255) cgcAAAATCATTCACCCTATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCACTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGc < 4:780430/149‑1 (MQ=255) aaaaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtt < 1:112276/149‑1 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGtttt < 2:809743/149‑1 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtttt < 2:617804/149‑1 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATTCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtttttg > 4:813299/1‑147 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGc > 3:806013/1‑149 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGc < 3:662320/149‑1 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGc < 2:268757/149‑1 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCGtttttg < 2:239669/149‑3 (MQ=255) aTTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATCTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCtt > 1:532176/1‑149 (MQ=255) ttCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCttt < 1:316394/149‑1 (MQ=255) ttCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCttt < 2:615550/149‑1 (MQ=255) tCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCtttt < 2:853880/149‑1 (MQ=255) aCCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTtat > 4:746829/1‑149 (MQ=255) cGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCg < 1:652040/134‑1 (MQ=255) cGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTAAACACGTGGCg > 2:652040/1‑134 (MQ=255) gATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCtttt < 1:769492/143‑1 (MQ=255) gATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCt < 3:321607/149‑1 (MQ=255) gATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCt < 4:854235/149‑1 (MQ=255) gATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCCTTTATATCt > 1:221792/1‑149 (MQ=255) gATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTCTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCtttt > 2:769492/1‑143 (MQ=255) 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aTTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAgg > 1:813809/1‑149 (MQ=255) taaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAAt > 3:128327/1‑149 (MQ=255) cTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCt < 2:314482/149‑1 (MQ=255) tGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTg > 2:817820/1‑149 (MQ=255) ggCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTgg > 1:386276/1‑149 (MQ=255) 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aaaaaCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGttt > 4:123319/1‑149 (MQ=255) aCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGaa < 1:379949/149‑1 (MQ=255) aCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGaa < 3:661140/149‑1 (MQ=255) gCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACg > 2:92835/1‑149 (MQ=255) cACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGa < 2:675788/149‑1 (MQ=255) 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gtTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTc < 2:720545/149‑1 (MQ=255) | CCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTC > NC_000913/3967562‑3967852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |