| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,306,540 | T→C | 6.4% | S20G (AGC→GGC) | yjcS ← | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,306,540 | 0 | T | C | 6.4% | 301.3 / 8.5 | 94 | S20G (AGC→GGC) | yjcS | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/42); new base C (3/3); total (49/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
GGGGCGATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCG > NC_000913/4306392‑4306688 | ggggCGATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCt < 4:354298/149‑1 (MQ=255) gATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTggcgg < 2:5248/149‑1 (MQ=255) aTAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTggcggc > 3:361714/1‑149 (MQ=255) aTAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCCagcggc > 2:117763/1‑149 (MQ=255) aaaTCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCCAGCGGCat < 2:583318/149‑2 (MQ=255) aaTCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGt < 1:415047/149‑1 (MQ=255) aTCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCCAGCGGCatga > 3:681115/1‑146 (MQ=255) tCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTa > 2:520991/1‑149 (MQ=255) 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tAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTAt < 3:822405/149‑1 (MQ=255) aaTGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTAtt < 1:706888/149‑1 (MQ=255) gCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAAt > 3:621769/1‑149 (MQ=255) gTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAAtct > 1:19370/1‑149 (MQ=255) tCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCcatt > 1:887409/1‑149 (MQ=255) 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aGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGc < 4:621769/149‑1 (MQ=255) gCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAAt < 4:894168/86‑1 (MQ=255) gCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAAt > 3:894168/1‑86 (MQ=255) gTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTa > 2:121405/1‑149 (MQ=255) tATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTAt > 1:736236/1‑149 (MQ=255) aTTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAACCCTGCACAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATCAATCTCCATTTATCATTTAAGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAACTATGTCATTTAAAGCTGGCGTTATc < 4:575666/149‑1 (MQ=255) tttACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCa > 1:323524/1‑149 (MQ=255) tACCATCATGCCGCTGGCGTCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTCAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATa > 3:761905/1‑149 (MQ=255) catcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAAtt > 1:384839/1‑149 (MQ=255) atcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTg > 1:22866/1‑149 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 2:783114/149‑1 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 2:736236/149‑1 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg > 2:807456/1‑149 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 4:129761/149‑1 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 1:323554/149‑1 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 3:681462/149‑1 (MQ=255) aactGCCGCCAGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg > 3:262781/4‑149 (MQ=255) atGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGCGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGa > 4:637671/1‑149 (MQ=255) tGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGaa > 2:533501/1‑149 (MQ=255) cTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGc < 4:792129/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCg < 4:853646/149‑1 (MQ=255) | GGGGCGATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCG > NC_000913/4306392‑4306688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |