| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,439,845 | 0 | T | A | 7.9% | 303.7 / 13.6 | 89 | intergenic (+52/+27) | ytfK/ytfL | DUF1107 family protein/UPF0053 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/44); new base A (3/4); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
TAAGATTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATATCCAC > NC_000913/4439697‑4439988 | tAAGATTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAt > 3:842312/1‑149 (MQ=255) aaGATTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAtt < 3:321727/149‑1 (MQ=255) aGATTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTGAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAGAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTc < 1:268447/149‑1 (MQ=255) aTTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCCATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAg 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tATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGcc < 4:316637/149‑1 (MQ=255) tCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGt > 3:142938/1‑149 (MQ=255) cAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGa > 3:150362/1‑149 (MQ=255) cAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGa > 1:594283/1‑149 (MQ=255) cAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGa > 4:892714/1‑149 (MQ=255) 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4:874730/1‑149 (MQ=255) cTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATATcc < 4:150362/149‑1 (MQ=255) tcttGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATATcca > 3:232229/4‑149 (MQ=255) ccTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATATccac < 4:847080/149‑1 (MQ=255) | TAAGATTCTTATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATATCCAC > NC_000913/4439697‑4439988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |