| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,513,106 | C→G | 6.1% | A102P (GCG→CCG) | fecC ← | ferric citrate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,513,106 | 0 | C | G | 6.1% | 350.8 / 11.5 | 99 | A102P (GCG→CCG) | fecC | ferric citrate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/53); new base G (3/3); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTC > NC_000913/4512961‑4513253 | tttCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAgcgccgc > 4:741219/1‑149 (MQ=255) tCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGGCGCGGCGCt < 2:429704/149‑1 (MQ=255) aTGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGt < 2:788820/149‑1 (MQ=255) 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tCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGt < 1:72092/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTg < 3:741219/149‑1 (MQ=255) ggTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa < 2:858413/149‑1 (MQ=255) ggTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa < 1:28400/149‑1 (MQ=255) gTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAg < 2:19307/149‑1 (MQ=255) gTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAg < 1:897059/149‑1 (MQ=255) aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa > 1:692158/1‑145 (MQ=255) aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa < 2:692158/145‑1 (MQ=255) aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtt > 4:355238/1‑149 (MQ=255) gcgcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGttt > 3:681946/1‑149 (MQ=255) cgcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt < 4:203430/149‑1 (MQ=255) gcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTg < 2:316721/149‑1 (MQ=255) ccATAGCCAGCGCCGCGCTGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGc > 2:269875/1‑149 (MQ=255) cATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCa > 3:508483/1‑149 (MQ=255) aTAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCAc < 1:233778/149‑1 (MQ=255) ttaacAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCAcc > 3:671816/5‑149 (MQ=255) tAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt > 1:441894/1‑144 (MQ=255) tAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt < 2:441894/144‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCACGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAg > 3:815882/1‑149 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACgg < 4:259599/110‑1 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACgg > 3:259599/2‑111 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAgc > 3:116764/2‑149 (MQ=255) gccgcgccgcTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTc > 3:907273/1‑149 (MQ=255) | TTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTC > NC_000913/4512961‑4513253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |