| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,513,111 | C→G | 6.1% | G100A (GGC→GCC) | fecC ← | ferric citrate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,513,111 | 0 | C | G | 6.1% | 349.2 / 11.9 | 99 | G100A (GGC→GCC) | fecC | ferric citrate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/53); new base G (3/3); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTCTGG > NC_000913/4512967‑4513256 | tCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGGCGCGGCGCt < 2:429704/149‑1 (MQ=255) aTGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGt < 2:788820/149‑1 (MQ=255) aTGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGt < 3:747150/149‑1 (MQ=255) aTGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGt < 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aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa < 2:692158/145‑1 (MQ=255) aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGaa > 1:692158/1‑145 (MQ=255) aGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtt > 4:355238/1‑149 (MQ=255) gcgcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGttt > 3:681946/1‑149 (MQ=255) cgcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt < 4:203430/149‑1 (MQ=255) gcCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTg < 2:316721/149‑1 (MQ=255) ccATAGCCAGCGCCGCGCTGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGc > 2:269875/1‑149 (MQ=255) cATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCa > 3:508483/1‑149 (MQ=255) aTAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCAc < 1:233778/149‑1 (MQ=255) ttaacAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCAcc > 3:671816/5‑149 (MQ=255) tAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt < 2:441894/144‑1 (MQ=255) tAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGtttt > 1:441894/1‑144 (MQ=255) gCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCACGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAg > 3:815882/1‑149 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACgg > 3:259599/2‑111 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACgg < 4:259599/110‑1 (MQ=255) acAGCGGCGCGGCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAgc > 3:116764/2‑149 (MQ=255) gccgcgccgcTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTc > 3:907273/1‑149 (MQ=255) gcgccgcTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTCTgg > 4:440168/1‑149 (MQ=255) | TCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTCTGG > NC_000913/4512967‑4513256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |