Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,335,654 | T→A | 5.9% | intergenic (‑64/+40) | eptA ← / ← adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,654 | 0 | T | A | 5.9% | 823.8 / 30.8 | 237 | intergenic (‑64/+40) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/133); new base A (5/9); total (95/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-02 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AGAGCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCA > NC_000913/4335381‑4335925 | agagCTTAGTGTCAGGACAATATTAATCACGCTGAAAGCGACGACCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCCACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATCTGCTCTCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAttt > 2:587407/1‑275 (MQ=255) acgacCGGCATCGACAAGAAAACCAGTACGTTATGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAAAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAAtt > 2:154887/1‑275 (MQ=255) aTGCAGCGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAAGATTCCGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAc < 2:291703/275‑1 (MQ=255) cGAATCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttt < 2:439251/275‑1 (MQ=255) aaTCCAGCGGCAGCGCCTGCAACACCTGTTTAAAAAAGGCAATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTAt > 4:441540/1‑248 (MQ=255) gCAAAACCTGTTTAAAAAAGGCAAAATTCAGGCAAATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAAtt < 4:391593/275‑1 (MQ=255) aaaGGCAAGATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCg < 2:300076/275‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aagaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg < 6:791526/148‑1 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGc < 6:917715/149‑1 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGc < 6:1008589/149‑1 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 4:731882/1‑136 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGc > 2:691507/1‑156 (MQ=255) aaagagggCCGACAATAACCAGGCGAGTGAATTGTAAGAGGATCTTTTTAGTAGGAACTTCAAAATCACTGGGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCGAAGCGAAATTAAGCCAACCTTAAGTGCTGAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAAGCTTTGCTTATGGGTGCATCTAAGGGATACGAGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCGGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAc < 4:489592/266‑1 (MQ=255) aaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGt > 5:890556/1‑149 (MQ=255) gCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGttt < 5:1004932/149‑1 (MQ=255) gCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGATGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCTGGGTGACAAATGACCACATAAcc > 2:367816/1‑274 (MQ=255) 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tttttAGTAGGCGCTTCAACACCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTgg < 5:551001/114‑1 (MQ=255) tttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGa < 4:138554/225‑1 (MQ=255) tagtagTCGCTGCAACATCTCGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCTCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTGAAGTTCTTAAGGTTGGCTGTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACTGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAgg < 1:188097/275‑1 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAggg > 6:860927/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |