| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,141,150 | G→A | 6.2% | intergenic (+164/+32) | flgL → / ← rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,141,150 | 0 | G | A | 6.2% | 547.7 / 15.1 | 171 | intergenic (+164/+32) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/88); new base A (6/5); total (78/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCAAACGGCATTGCAGGCATCGTATAAAGCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGC > NC_000913/1140881‑1141412 | gAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCAAACGGCATTGCAGGCATCGTATAAAGCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTAca > 2:64340/1‑274 (MQ=255) 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GAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCAAACGGCATTGCAGGCATCGTATAAAGCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGC > NC_000913/1140881‑1141412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |