| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,311,831 | C→T | 6.3% | intergenic (+23/+17) | tonB → / ← yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,831 | 0 | C | T | 6.3% | 607.3 / 16.9 | 187 | intergenic (+23/+17) | tonB/yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/89); new base T (7/5); total (93/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCG > NC_000913/1311566‑1312094 | ggCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGCAATTCAGTAAGCAGACAGTCAACAGCCTCCGACCGGAGACTTTTGACTCTTACTTACAAGGTCAGGCCCTAGGTTTTCCttgcgg > 4:263983/1‑271 (MQ=255) 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> 7:484732/1‑149 (MQ=255) tGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACtttttt > 4:225176/1‑185 (MQ=255) ttAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGcc > 2:580469/1‑274 (MQ=255) aaaaTTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATgtcgtc < 4:243492/217‑1 (MQ=255) aaaTTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCg > 6:643398/1‑149 (MQ=255) 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CAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAATATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTGACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTATAGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCG > NC_000913/1311566‑1312094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |