| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,062,354 | 0 | T | A | 5.9% | 820.4 / 26.8 | 236 | intergenic (+19/+37) | asnV/ldtA | tRNA‑Asn/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (117/104); new base A (5/9); total (123/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTATGCACCACGATGGTTCATTACCCAATAAGATTGAAAGCTCACCACTTTGTTGAAATTGACAGCAAACAAACAAAAAAATGCATTTCACCCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAAAGATGGGGTTACCGGCAATGGCACTTTTCGGTCAGACTCATATTCTGCACGATTGCGCGACAATGGCTCATGAACTTCCAGCCAGTTCGAGCCATCTGGTTCAGTGGTGTATTTTACTGGCT > NC_000913/2062093‑2062626 | gcgTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTATGCACCACGATGGTTCATTACCCAATAAGATTGAAAGCTCACCACTTTGTTGAAATTGACAGCAAACAAACAAAAAAATGCATTTCACCCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCtt > 2:164733/1‑274 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGCCTGCTAGAAAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATa > 6:408960/1‑149 (MQ=255) ccTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAAAGATGGGGTTACCGGCAATGGCACtttt > 2:646576/1‑185 (MQ=255) cTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACg > 6:82649/1‑149 (MQ=255) tGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCAttt < 5:521446/111‑1 (MQ=255) gCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAAAGATGGGGTTACCGGCAATGGCACTTTTCGGTCAg > 1:131100/1‑189 (MQ=255) 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GCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGTATGCACCACGATGGTTCATTACCCAATAAGATTGAAAGCTCACCACTTTGTTGAAATTGACAGCAAACAAACAAAAAAATGCATTTCACCCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAAAGATGGGGTTACCGGCAATGGCACTTTTCGGTCAGACTCATATTCTGCACGATTGCGCGACAATGGCTCATGAACTTCCAGCCAGTTCGAGCCATCTGGTTCAGTGGTGTATTTTACTGGCT > NC_000913/2062093‑2062626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |