Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,039,480 | 0 | T | C | 5.1% | 379.3 / 7.7 | 118 | V62A (GTC→GCC) ‡ | cbdB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/57); new base C (3/3); total (58/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.72e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCC > NC_000913/1039334‑1039628 | gctgATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCt < 1:891904/149‑1 (MQ=255) gATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGt > 2:250012/1‑149 (MQ=255) gATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGt < 2:960333/149‑1 (MQ=255) 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ggAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATc > 3:817496/1‑149 (MQ=255) gaggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATc > 2:142715/7‑149 (MQ=255) aaGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATcgc < 1:792012/149‑1 (MQ=255) gatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATcgcg > 3:474054/4‑149 (MQ=255) gCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGa > 4:546395/1‑149 (MQ=255) gCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGa > 3:797498/1‑149 (MQ=255) cAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGaa < 1:142715/149‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCtttt > 2:91603/1‑82 (MQ=255) aaCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCtttt < 1:91603/82‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGaaa > 2:1022986/1‑149 (MQ=255) aaCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGaaa > 4:887066/1‑149 (MQ=255) cAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAAt < 3:887066/149‑1 (MQ=255) aGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATc < 1:368054/149‑1 (MQ=255) gTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGc > 2:408425/1‑149 (MQ=255) gTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGc > 4:796864/1‑149 (MQ=255) | GCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCC > NC_000913/1039334‑1039628 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |