| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 87,884 | T→A | 7.4% | intergenic (+36/‑144) | ilvH → / → cra | acetolactate synthase 3, small subunit, valine‑sensitive/transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 87,884 | 0 | T | A | 7.4% | 348.8 / 13.6 | 107 | intergenic (+36/‑144) | ilvH/cra | acetolactate synthase 3, small subunit, valine‑sensitive/transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/55); new base A (4/4); total (48/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTG > NC_000913/87739‑88030 | gCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCAc > 3:336368/1‑149 (MQ=255) ggTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGt > 1:594848/1‑149 (MQ=255) tAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTg < 4:238534/149‑1 (MQ=255) tAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTg < 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(MQ=255) tGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATtgtg > 2:207486/1‑149 (MQ=255) | GCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTG > NC_000913/87739‑88030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |