Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,657,898 | A→T | 6.2% | intergenic (+28/‑171) | ynfD → / → ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,657,898 | 0 | A | T | 6.2% | 446.7 / 15.3 | 130 | intergenic (+28/‑171) | ynfD/ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/66); new base T (3/5); total (59/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CCAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAAC > NC_000913/1657750‑1658046 | ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGa > 2:567314/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGa < 2:471273/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGa > 3:818411/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGa > 1:430615/1‑149 (MQ=255) aGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAATATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACa > 1:416871/1‑149 (MQ=255) aGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACa > 2:839243/1‑149 (MQ=255) gtcgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATcc < 3:602636/149‑1 (MQ=255) cgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCgg > 3:356524/1‑149 (MQ=255) ggCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGc < 2:204048/149‑1 (MQ=255) ccATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATTTGTCATATCCGGCgt < 1:296138/149‑2 (MQ=255) cATTGCACTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGAt < 1:148362/149‑1 (MQ=255) aTTGCGCTAATGATACGCAGAAAATTATCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCCCGCAGTCTAGCCAGGATGCCGCGCCTGCCGAGCCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGCTATGACAAATCCGGCGAtt > 2:73442/1‑149 (MQ=255) ttGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATTTGTCATATCCGGCgttca < 4:648206/149‑5 (MQ=255) ttGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGAttt < 3:239523/149‑1 (MQ=255) cgcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGaa < 2:35171/149‑1 (MQ=255) cgcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGaa < 4:171605/149‑1 (MQ=255) gcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGa > 4:110258/1‑130 (MQ=255) gcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAAc < 4:443698/149‑1 (MQ=255) 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tAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATcc > 4:833496/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATccc < 1:682171/149‑1 (MQ=255) tctATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCttat < 1:250175/149‑1 (MQ=255) tataCCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCttatta > 1:674768/1‑149 (MQ=255) aCCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTc > 2:1037344/1‑149 (MQ=255) 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ccGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTAtt < 1:567314/149‑1 (MQ=255) cGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAATATACAACATAATCCCACCTTATTACTc > 2:436520/1‑87 (MQ=255) aaCCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGtt > 1:820651/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTa < 4:554739/149‑1 (MQ=255) cGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAgc < 4:875461/149‑1 (MQ=255) tAACACATTATCGAATGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCt > 3:84040/1‑149 (MQ=255) acaTTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAat > 3:552295/1‑149 (MQ=255) ttATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATAtt < 4:958618/149‑1 (MQ=255) aTCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTaaa < 4:173789/143‑1 (MQ=255) aTCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTaaa > 3:173789/1‑143 (MQ=255) aTCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCa > 3:953380/1‑149 (MQ=255) gACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAata < 2:883142/149‑1 (MQ=255) gACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAata > 1:437832/1‑149 (MQ=255) aCTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAatat > 2:224631/1‑149 (MQ=255) aaCGCCGGATACGATAAATCCAGCGATTTGAACCCACAACATAATCCCGTCATATTACACATACCCTTCTATTTATATGGATTAATAATTCTTGATCCAAAATGGGTAGACTCCATCTATTGTTAGGGCGCTAAATATACGATATATaa < 2:177684/149‑1 (MQ=255) gATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTta < 3:367792/149‑1 (MQ=255) gATATGACAAATACGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGTTTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGATAAATATTCAATATATATACTTTta > 4:276504/1‑149 (MQ=255) gACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTAtt < 2:664780/109‑1 (MQ=255) gACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTAtt > 1:664780/1‑109 (MQ=255) gACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATACGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCaa < 3:991323/130‑1 (MQ=255) aCAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAAc > 2:541601/1‑149 (MQ=255) aCAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAAc > 2:972740/1‑149 (MQ=255) | CCAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAAC > NC_000913/1657750‑1658046 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |