| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,482,839 | C→G | 7.0% | L167F (TTG→TTC) | emrK ← | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,482,839 | 0 | C | G | 7.0% | 497.3 / 23.9 | 142 | L167F (TTG→TTC) | emrK | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/63); new base G (5/5); total (74/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GGTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTG > NC_000913/2482692‑2482986 | tAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAAt < 4:294921/149‑1 (MQ=255) aaCCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATg < 4:341166/149‑1 (MQ=255) cGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCg > 3:259034/1‑149 (MQ=255) 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tctTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCGTTGAATGCCGc < 3:632241/145‑1 (MQ=255) tctTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTGAATGCCGc > 4:632241/1‑145 (MQ=255) ttAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCt > 4:397291/1‑149 (MQ=255) aaTATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTAc > 1:451129/1‑149 (MQ=255) atatCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACt > 2:492003/1‑149 (MQ=255) 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gATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGa < 1:526376/149‑1 (MQ=255) caaaGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACTGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGa > 2:762065/4‑149 (MQ=255) aaaGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGAc > 1:859736/3‑149 (MQ=255) tAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGc > 1:589678/1‑145 (MQ=255) aGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACtt > 3:284138/1‑149 (MQ=255) aTTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCAc > 3:545550/1‑149 (MQ=255) ttCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACt > 1:2321/1‑149 (MQ=255) tCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTg < 3:1018755/149‑1 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGc > 4:703798/1‑129 (MQ=255) cAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGc < 3:703798/129‑1 (MQ=255) | GGTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTG > NC_000913/2482692‑2482986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |