| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,238,705 | G→A | 5.1% | A42A (GCG→GCA) | alx → | putative membrane‑bound redox modulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,238,705 | 0 | G | A | 5.1% | 393.2 / 6.8 | 117 | A42A (GCG→GCA) | alx | putative membrane‑bound redox modulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/65); new base A (3/3); total (49/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTTTTATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTGGCGGTC > NC_000913/3238557‑3238852 | ttttttATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCg > 3:828059/1‑149 (MQ=255)ttttttATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCg < 2:813945/149‑1 (MQ=255) tgtgTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTCGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCCGCAGCCTgtt < 3:457733/149‑3 (MQ=255) gtgtAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTc > 4:225561/1‑149 (MQ=255) tgtAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCg > 1:6242/1‑149 (MQ=255) gtAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGc < 2:304901/149‑1 (MQ=255) gcaCTTCTATTAATGCTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGTGGATTCGCTGTTGTTGCCGCCATTATGCTGGCTATCGACATGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACTTGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTc < 2:204054/147‑1 (MQ=255) aCTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTg < 4:300379/149‑1 (MQ=255) 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accatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGATGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTga < 2:499640/149‑1 (MQ=255) accatgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACTGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTTATTga < 1:314477/149‑1 (MQ=255) catgaAACAGTCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGCGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTgaga > 3:69399/1‑149 (MQ=255) tgaAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGaaa > 3:108158/1‑149 (MQ=255) gaccAGGCCGCAGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATc > 4:894686/4‑149 (MQ=255) 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TTTTTTATGTGTAAGGAACTTCTATGAATACTGTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGAAATCGCTGGCGGTC > NC_000913/3238557‑3238852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |