| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,041,220 | T→C | 6.5% | S72G (AGC→GGC) | mobB ← | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,220 | 0 | T | C | 6.5% | 496.3 / 17.2 | 153 | S72G (AGC→GGC) | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/67); new base C (4/6); total (80/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAA > NC_000913/4041072‑4041366 | cAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGctggctgg > 1:1088291/1‑149 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTATATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGa > 1:995172/1‑149 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGa > 4:263527/1‑149 (MQ=255) 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aaGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCgg < 1:267002/149‑1 (MQ=255) aaGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCgg > 3:483908/1‑149 (MQ=255) cccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc > 1:797530/1‑149 (MQ=255) accATCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc > 1:577615/2‑149 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGTAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATg < 2:226649/93‑1 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCt > 3:161884/1‑74 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCa < 4:969845/149‑1 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCa < 3:51585/149‑1 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCa > 1:64625/1‑149 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCa < 3:954190/149‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAg < 1:456157/149‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGc > 3:899982/1‑95 (MQ=255) aTCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGc < 4:899982/95‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGttttt < 2:654901/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGttttt > 2:567696/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtttttt < 3:416512/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtttttt < 1:298548/149‑1 (MQ=255) gctggcAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCaaaa < 4:525932/149‑1 (MQ=255) gctggcAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCaaaa < 3:681963/149‑1 (MQ=255) | AACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAA > NC_000913/4041072‑4041366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |